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本研究利用ISSR和线粒体Cyt b基因作为分子标记,分别对中华鳑鮍、高体鳑鮍和斑条刺鳑鮍 3个种群遗传多样性和我国鳑鮍亚科的系统发育进行了分析。遗传多样性运用Popgene软件,对其遗传多样性参数进行分析;系统发育运用MEGA4.0软件,分别采用NJ法、MP法和ME法重建鳑鮍亚科鱼类的分子系统发育树。主要研究结果如下:(1)利用ISSR标记技术,分别分析了中华鳑鮍、高体鳑鲏和斑条刺鳑鮍 3个自然群体内的遗传多样性及群体间的差异。利用10个ISSR引物对3个群体共150个个体的基因组DNA进行PCR扩增,共检测到90个重复性好且谱带清晰的位点,片段大小在200-2000bp之间,其中多态位点51个,多态性比例为56.67%。利用Popgene软件分析3个鳑鮍群体内的多态位点比例(PPB)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样度(h)、Shannon’s信息指数(I)和遗传距离(D)分别在51.14%-53.93%、1.3229-1.4375、1.1877-1.2446、0.1081-0.1435、0.2163~0.1616、0.0652~0.0923之间,各群体所有遗传多样性指标综合显示,3个群体的遗传多样性水平均较高,依次为:斑条刺鳑鮍>高体鳑鲏>中华鳑鮍。基于Nei’s基因多样性计算鳑鮍群体间遗传分化系数Gst为0.3519,说明有35.19%的遗传变异来源于群体间,有64.81%来源于群体内,由Gst计算的种群间基因流(Nm)为0.9209,说明基因流水平低。根据Nei的公式计算群体间的无偏遗传距离(D),结果显示,中华鳑鮍群体与高体鳑鲏群体遗传距离最小(0.1332),高体鳑鮍群体和斑条刺鳑鮍群体的遗传距离最大(0.1860)。NJ聚类显示,中华鳑鮍群体和高体鳑鲏群体间的亲缘关系最近,最先聚在一起,然后与斑条刺鳑鮍群体聚在一起。(2)通过PCR扩增、测序等方法获得了中华鳑鮍和高体鳑鲏的线粒体DNA Cyt b基因全序列(1141bp),并从GenBank中下载的鳑鮍亚科鱊属4种鱼的细胞色素b基因序列(1140bp),在同源的1140bp Cyt b基因序列中,没有发现碱基的插入和缺失,其中T、C、A和G碱基平均含量分别为30.1%、26.7%、28.2%、15.0%,显示G碱基相对缺乏,其中A+T的含量(58.3%)高于G+C的含量(41.7%),在三联密码子中碱基组成有很大的变化,在密码子的第一位中四种碱基频率相近,但第二位中T碱基的频率高达41.2%,在第三位中,A碱基的频率达到39.9%,但G碱基只有5.9%,表现出很明显的碱基偏倚。转换与颠换的比值为2.5,序列中的转换明显多于颠换,说明这些序列没有达到突变饱和。3种聚类方法构建的分子系统树的拓扑结构基本一致,将大鳍鱊、短须鱊、越南鱊与中华鳑鮍和高体鳑鮍聚在一起,兴凯鱊与外类群聚为一支。两种分子标记进行聚类都显示出中华鳑鮍与高体鳑鮍聚在一起,且遗传距离较近,表明其亲缘关系较近。本研究支持林人端的观点,中华鳑鮍是高体鳑鮍的同物异名。