中医药学作为传统文化的瑰宝，其防病治病的显著疗效赢得了长久而普遍的认同，其科学价值和丰富的内涵亦正在不断被人们认识和揭示。在历史上，中医学的发展主要是依靠临床，在实验研究的方面有所欠缺，在新的时代里，将实验研究的方法引入到中医学中来，为中医学的发展提供了有力的新工具，补充了中医学研究方法的不足。通过用实验研究的方法对中医学基础理论进行研究，初步揭示了一些中医学理论中所蕴含的科学内涵，同时在实验研究中也遇到了一些新的问题和困难。这些问题和困难促使人们进一步去思考如何更好地探索中医学理论的科学内涵。目前，在中医理论的实验研究中所遇到的问题，带有一定的共性，表明难以直接将西医学的实验研究手段、方法、指标直接用来阐明中医学的科学内涵。在这些现象的深层隐含着的是中、西医学不同的思维模式，这些思维模式是由历史原因形成的。由于东、西方文化、科学观的不同，中、西医学走上了不同的发展模式，思维模式也固化在了医学的方方面。中、西医学的思维方式、观察方法都存在着根本的不同，致使两种医学很难在具体的物质层面直接沟通。本文在文献综述概括评述了近些年来在中医学“时藏阴阳”理论的实验研究中的一些概况；分析了中、西医学不同的哲学背景和科学技术背景，说明两种医学在医学模式上的根本不同。西医学的主要科学观点来源于物质实在论（元素论），采用的是分解－还原的思维方式，体现的是简单性的科学思维。西医学依靠解剖学，着重在于从人体的结构出发，以人体结构、物质成份为基础来说明人体的生理、病理等功能。中医学并没有采用从实体结构出发，而是是从整体、功能、动态的、从时间与空间统一的角度来认识人体的生命现象和医学问题，采用的是司外揣内、整体思辨的研究方法。这种思维方式所产生的医学理论不同于分析－还原的方法。中医学所采用的研究方法，在一些方面和复杂性科学有着天然的联系，中医学中所包含的注重整体、功能、强调辩证等思想都暗含着复杂性科学思维方式的萌芽。中医学实验研究的现状表明，在中医学研究中需要引入新的思维方式，从而更好的对中医学的科学内涵进行研究，复杂性科学的思想对于中医学基础理论科学内涵研究将会起到良好的启示作用