本文通过对高昌故城研究史、保护史的回顾，结合实地考察，对高昌故城保存、保护和研究现状做出评估，并在分析评估结果的基础上，对高昌故城未来的保护和研究工作提出建议。同时，希望以高昌故城为案例，为新疆地区古城址保护研究进行有益的探索高昌故城是新疆地区现存规模最大的古代城址。自西汉屯兵地点至地方政权都城，发展和延续使用近一千四百余年。高昌故城是吐鲁番地区历史上的政治、经济、文化和宗教中心，长期做为不同民族、宗教和文化的汇聚地，是研究吐鲁番和新疆地区城市发展、人地关系和东西文化交流的重要实例。　　 本文从本体保存状况、研究状况、保护状况、展示利用状况等多角度对高昌故城进行综合评估。分析认为，百年来国内外学者对高昌故城进行的相关研究成果丰富，政府和相关部门对高昌故城的保护成效显著。面临或存在的问题是迄今对高昌故城的研究主要依据传世文献和出土文书，领域多局限于政治史、社会经济史等方面，考古学方面的基础研究非常薄弱；高昌故城的保护项目除土地利用和环境整治外，保护工程大多局限于地面遗迹的本体保护，尚未给予地下遗存足够重视；展示利用形式单一，内涵不够丰富，没有充分彰显高昌故城的价值；等。上述问题产生的根本原因在于高昌故城没有开展深入、持久的基础性工作，本体认知严重滞后，具体表现为考古工作的滞后及其与历史研究、本体保护、展示规划等多方面工作的脱节，这种情况导致相关研究或工作缺乏足够的科学依据和原始动力。针对现存问题，文章试对未来高昌故城保护研究工作提出建议，包括建立地理与考古信息系统、建立环境监测系统、制定考古工作计划、制定以考古信息为依托的保护与展示规划、培养相关人才、加强资料信息综合利用等几方面。