中国汉族特发性肌萎缩侧索硬化全基因组关联分析

来源 :南昌大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wheatmm
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目的:肌萎缩侧索硬化是一种运动神经元变性性疾病,目前发病机制尚不明确,但遗传因素在发病机制中可能起很大作用。基因组筛查是一种有效寻找易感基因的方法,前期研究已发现了一些候选基因,但其研究对象多为欧美人群。为此,我们对中国汉族人群特发性肌萎缩侧索硬化(sALS)进行全基因组扫描,以期发现新的易感基因。方法:收集200名临床确诊中国汉族sALS患者和200健康中国汉族人血样,提取基因组DNA,每个试验亚组样品DNA等量混合,构建病例组和对照组DNA混合池,通过全基因组SNP芯片高密度杂交分型,比较分析病例/对照各位点的等位基因频率差异。找出与sALS相关差异有显著统计学意义的基因位点。结果:①经临床资料分析,病例组平均发病年龄(48.5±8.4)岁,40岁以前和80岁以后发病少见,男女发病比例1.5∶1;对照组平均年龄(59.8±11.6)岁,男女比例1.3:1;②通过质量控制的有基因诠释信息的SNPs位点859311个,无基因诠释信息的SNPs位点12670个;发现8个新的可疑sALS风险基因位点:INPP5B (kgp15327256), IQCF5/IQCF1(rs1605070), ITGA9(rs9825420),LOC727878/PFKP (rs9329300),MYO18B (kgp8087771), LOC100287880/ALCAM(rs2685056),LOC100128095/OPCML(rs711708),GPR133(rs11061269)。③pathway分析发现3个通路可能与sALS相关,共361个基因。结论:经全基因组关联分析(GWAS)和Pathway分析研究,发现新的8个可疑sALS易感基因位点,3个可能通路,361个候选基因。说明中国汉族人群和欧美人群的致病基因是有区别的。为今后发现sALS的发病机制及致病基因功能研究进一步研究提供基础。
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