亚洲象(Elephas maximus Linnaeus)是我国国家一级保护动物，仅分布在云南省的西双版纳国家级自然保护区、思茅地区的南屏和南滚河国家级自然保护区。基于对中国野生亚洲象多年的宏观生态学研究，本研究组已经初步掌握了中国亚洲象的本底资料，但对中国亚洲象种群数量和遗传特征仍缺乏准确了解，缺少重要的科学依据以制定合理的保护策略。本文利用非损伤性取样法，采集亚洲象的粪便为DNA来源，选用线粒体DNA及多微卫星位点作为分子标记，对分布于我国境内的亚洲象的保护遗传学进行了系统的研究，得到以下研究结果：　　1.在2003年12月至2007年9月期间对有亚洲象分布全区域进行全年采样，共采集了654份，其中479份样品在本研究中成功提取DNA并得到目标片段扩增产物进行种群遗传分析。　　2.9个微卫星位点扩增成功率根据位点不同从64.3-96.9％。5个种群的多态位点百分率均为100％，表明9个微卫星位点具有较高的多态性，可作为有效的遗传标记用于种群遗传多样性和系统发生关系的分析。　　3.利用9个微卫星位点，在479份样品中共得到178个基因型，被认定为178个独立的亚洲象个体。用非损伤性标志重捕法对中国亚洲象种群数量进行评估，经CAPWIRE和MARK两个软件不同的模型估算，认为中国亚洲象种群数量在178～192头(置信区间为95％)。　　4.中国5个亚洲象地理种群在9个微卫星位点上的F-statistics分析结果遗传变异主要发生在种群内，各地理种群遗传多样性较低，勐腊种群拥有最高的基因多样性指数0.4132，而思茅种群最低，0.2969。除位点LafMS09、FH60和FH94外，种群各位点基因流NM值均小于1，且平均值为0.4506。通过对5个种群进行不同层次的划分分析种群间基因流及种群成对分析，表明种群间基因流较低，南滚河种群与其他4个种群间明显缺乏基因交流，其他4个种群内有较高的基因流。　　5.依据178个个体数据，中国云南地区分布的亚洲象种群大致可分为两个亚群，其中南滚河种群单独形成一支，与其他4个种群有明显的分化。经mtDNA分析支持这一结论。　　6.选用的mtDNA序列片段位于线粒体D-loop控制区域，片段长度为556bp。经对178个个体进行扩增结果分析，共得到24个单倍型。在5个地理种群中，除南滚河种群外，其他4个种群中的114个个体共享同一单倍型，南滚河种群与其他种群间未观察到共享单倍型。　　7.对mtDNA序列进行系统发生分析，发现无论选用何种分析方法，178个个体均聚为两大分支α和β。其中分支α中包含除南滚河种群外的4个地理种群，分支β仅含有南滚河种群。说明，南滚河种群与其他4个地理种群间存在明显分化，支持了微卫星数据分析结果。　　8.对mtDNA序列进行NETWORK网络发生关系分析，发现在网络关系中，也明显分为A、B两分支，但更细致的观察发现，单倍型NGH5和NGH7是连接两分支的单倍型，但与南滚河种群的其他单倍型的亲缘关系更近。　　9.依据保护遗传学的原理，本文将我国的亚洲象定义为2个进化显著单元，在遗传管理上定义为两个管理单元，即：西双版纳单元和南滚河单元。南滚河单元，经线粒体及微卫星多位点联合分析，其发生了显著的遗传分化，由于只有一个种群，因此它既是一个进化显著单元，也是一个管理单元。　　10根据研究结果，提出如下保护建议：加强对亚洲象现有适宜栖息地的保护；建立各片段化栖息地之间的生态走廊带，以期加强各地理种群间的交流，促进种群遗传多样性的发展；从遗传管理角度上来说，在制定保护政策时，要针对南滚河种群单独的制定保护政策，以期保护中国亚洲象种群遗传独特分支的多样性；建立行之有效的跨境保护合作机制，严厉打击跨境盗猎，以期稳定现有亚洲象的数目。