基于全外显子测序分析高级别浆液性卵巢癌肿瘤异质性

来源 :兰州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:skyman9907
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:利用全外显子测序(WES)研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤相关基因突变情况,寻找不同取样位点差异表达的突变基因,对高级别浆液性卵巢癌的肿瘤异质性进行初步分析与探索。方法:本研究依据纳入标准与排除标准选取就诊于兰州大学第一医院的高级别浆液性卵巢癌患者3名,分别于肿瘤组织中心及两端收取新鲜组织标本,测序样本迅速放于液氮罐中冷冻后转入-80℃冰箱保存,切片样本置于10%中性福尔马林保存。提取组织DNA后使用BGI杂交试剂盒对外显子进行捕获,然后在BGISEQ-500平台上进行测序。下机数据质控合格并经过过滤、检测及注释后进行单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失标记(InDel)分析,结果对比NCBI基因数据库,绘制所有样本的SNP、InDel热图,根据基因突变结果最终筛选出不同取样位点差异表达的突变基因,同时选取样本进行免疫组化验证。结果:1.在SNP突变中,以错义突变最多,其中碱基改变形式以GC→AT最常见,分别占比38.9%,39.6%,39.6%;3组样本中分别筛选出23、21、23个SNP位点,对比不同取样位点后样本A、C各有差异突变3个,样本B未发现差异突变。2.在InDel结果中,插入或缺失的发生以1-3bp的片段长度为主;3组样本中分别筛选出13、11、17个InDel位点,对比不同取样位点后样本A有差异突变4个,样本B有差异突变2个,样本C有差异突变8个。3.免疫组化结果中,不同取样位点中蛋白表达具有明显差异(P<0.05)。4.3组样本的SNP和InDel共筛选突变基因12个:FMN2、MAN2B2、ESPNL、SEC16A、MUC6、SIX3、ATP13A5、NOP14、PDLIM2、PPP6C、ITGB3、UNK6。结论:1.卵巢癌是一种异质性疾病,不仅存在肿瘤内异质性,也存在患者间异质性。2.所得的12个突变基因:FMN2、MAN2B2、ESPNL、SEC16A、MUC6、SIX3、ATP13A5、NOP14、PDLIM2、PPP6C、ITGB3、UNK6可作为卵巢癌分子靶向治疗的潜在位点。3.为实现个体化治疗,肿瘤组织需要多点取样以明确不同位点的基因突变情况,进而进行靶向治疗。
其他文献
研究背景:胰腺癌(pancreatic cancer,PC)是具有高侵袭能力的一种消化道恶性肿瘤。胰腺癌患者因临床表现没有特异性、肿瘤易早期转移等原因,约80%-85%的患者无手术机会。目前胰腺癌患者的5年生存率不足10%。因此,寻找胰腺癌新的诊断、预后标记物和治疗的靶点显得尤其重要。钙结合蛋白S100A16是S100家族25个成员中的一员。S100蛋白是酸性钙调节蛋白家族,是EF手基序结合蛋白的
目的:探讨非解剖性肝切除术术中联合肝断面射频消融术对于伴有微血管侵犯(microvascular invasion,MVI)肝细胞癌早期复发的影响。方法:2015年6月至2020年6月收住的82例肝细胞癌患者分为两组。联合治疗组(n=41)采用非解剖性肝切除联合术中肝断面射频消融治疗,单纯肝切除组(n=41)仅采用非解剖性肝切除术。比较联合治疗组与单纯肝切除组患者的无复发生存率及手术安全性。根据术
为了探究不同电学参数的拦鱼电栅在静水条件下对草鱼幼鱼[体长(10.22±2.01) cm、体质量(34.25±3.62) g]趋避行为的影响,实验构建了一种双排式的拦鱼电栅,在静水条件下采用3因素4水平正交实验设计,测试了脉冲电压、脉冲频率、脉冲宽度等脉冲直流电参数对拦鱼效果的影响;为了探究静水下拦鱼效果最佳的拦鱼电栅电学参数在不同流速下的适应性,在鱼道模型中设置了3种流速条件(0.15、0.25
目的探究MUC1的表达对结直肠癌患者部分临床病理特征及预后的影响。方法检索从建库至2020年12月在Pub Med、EMbase、Web of Science、Cochrane library、中国知网、中国生物医学文献等数据库公开发表的关于MUC1表达与结直肠癌患者预后关系的队列研究。两位研究者根据纳入、排除标准对文献进行筛选,并提取相关数据,采用Stata12.0软件进行meta分析。风险比(
第一章基于公共肿瘤数据库分析DUS4L基因在肺腺癌中的表达及其临床意义背景:肿瘤仍然是世界上最具挑战的公共卫生问题之一。最近过去的数年来,各个国家的肺腺癌的发病率呈现出不断上涨的势态,现在已成为肺癌中最为多见的病理学类型。公共癌症数据库TCGA为科研人员能够快速、精准地获取不同肿瘤的基因组学数据,发现肿瘤防治相关的新靶点提供了很好的途径。目的:本次研究中我们使用生物信息学技术分析TCGA数据库肺腺
目的:初步探讨HOXB9蛋白在子宫内膜癌中的表达情况及其与子宫内膜癌临床病理特征、预后的相关性,以分析HOXB9在子宫内膜癌的危险分层中的临床应用价值,同时为探索HOXB9在子宫内膜癌发生发展中的作用机制提供研究方向。方法:收集兰州大学第一医院及甘肃省妇幼保健院病理科子宫内膜癌手术切除且具有完整病例及随访资料的石蜡标本176例,同时收集30例正常子宫内膜组织石蜡标本作为正常对照。使用组织芯片的方法
背景:Ki67抗原是核增殖相关的一种抗原,参与周期调节和细胞增殖,被认为是肿瘤生物学的可靠标志。Ki67蛋白在细胞分裂与增殖中具有重要的功能,在反映各种恶性肿瘤(包括胃癌)的侵袭性及其最终预后中具有重要意义。肿瘤组织的微卫星不稳定性(MSI)是由于DNA错配修复基因(MMR)缺陷后引起的简单重复序列上未纠正复制错误率的增加所导致。微卫星不稳定性(MSI)表达的评估与胃癌患者治疗的选择和疗效有关。目
目的:子宫肉瘤发病罕见,诊断困难,且预后极差。本研究通过分析中性粒细胞与淋巴细胞比值(neutrophil to lymphocyte ratio,NLR)对子宫肉瘤术前诊断的价值,并探索NLR与患者预后的关系,旨在为子宫肉瘤临床诊治提供参考。方法:回顾性收集甘肃省人民医院2009年7月到2019年12月手术治疗且诊断明确的子宫肿瘤患者临床资料。共纳入57例子宫肉瘤患者及114例子宫肌瘤患者。通过
背景和目的:胶质瘤是中枢神经系统最常见的致死性原发性肿瘤,其恶性程度极高,预后极差。恶性增殖与凋亡抵抗是胶质瘤发生、发展的重要机制之一,揭示肿瘤细胞增殖与凋亡调控机制对于判断肿瘤的恶性程度、反映其生物学特性以及指导临床治疗与预后评估等都具有重要的意义。胶质瘤作为一种高度异质性的肿瘤,对其分子层面的深入研究,有助于揭示肿瘤细胞的异质性,阐释肿瘤细胞恶性增殖、凋亡的机制,对胶质瘤的分子分型、预后评价及
目的:分析宫颈癌淋巴转移阳性患者的临床及病理特点,联合淋巴结转移高危因素、盆腔磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)淋巴是否增大及新辅助治疗前后宫颈癌患者血清鳞状上皮细胞癌抗原(squamous cell carcinoma antigen,scc-Ag)变化值对宫颈癌患者淋巴结转移进行评估。建立淋巴结转移的术前预测模型并分析其预测价值,为提高宫颈癌根治术前淋巴