石斑鱼类(groupers)是热带亚热带最重要的海洋经济鱼类之一,其种类繁多,分布广泛,但由于其种间缺乏显著的形体特征,条纹体色等其他重要特征又易受周围环境的变化所影响,因此,石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学中的一个难题。近年来迅速发展的分子系统学研究为石斑鱼类的系统发育研究提供了一条客观有效的途径。本文通过对线粒体16S rDNA、Cyt b基因部分序列以及核基因Tmo-4c4部分序列的分析,对我国近海石斑鱼亚科(Epinephelinae)6属34个种类进行了较全面的分子系统关系研究,主要结果如下:①运用生物信息学分析方法对所得序列的碱基组成和序列变异进行分析:其中16s rDNA序列约为600个碱基,有明显的插入和缺失;Cyt b序列为412个碱基,Tmo-4c4序列为542个碱基,作为编码基因无插入缺失。②以日本竹夹鱼(Trachurus japonicus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)的线粒体同源序列及花鲈和鳜(Cyprinus carpio)的核基因同源序列作为外群,采用不同的进化树构建模式,分别构建了MP、ML和Bayes3种分子系统树,其拓扑结构基本一致,表明了在中国近海石斑鱼类中,鳃棘鲈属最先分化;其次是侧牙鲈属和九棘鲈属;石斑鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是石斑鱼亚科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。宽额鲈(Epinephelus lanceolatus)处于石斑鱼属内的一个分支中,可归入石斑鱼属。③结合生物地理学原理与所构建的进化树,发现全球石斑鱼类各分支的种类组成与所属地理区系无关,在同分支里可以既有东半球的种类又有西半球的种类,即同区域的石斑鱼种类并非单系起源;结果还表明石斑鱼类的分布格局主要是种类扩散的结果,而非隔离分化。