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水稻亚种间杂交具有很强的杂种优势，但是普遍存在杂种不育的生殖障碍。花粉不育是导致杂种不育的重要原因之一。“特异亲和基因”新学术观点认为，水稻亚种间杂种不育主要由花粉不育引起，杂种F1花粉不育至少由S—a、S—b、S—c、S—d、S—e、S—f六个基因座位决定，每个座位独立作用，并具有不同程度的分化，存在一系列复等位基因，寻找其中的“中性基因”有望用于克服亚种间杂种的不育性。广东高州普通野生稻(以下简称“高州野生稻”，代号为GZW+编号)在长期进化过程中形成了丰富的遗传多样性。本研究以台中65(简称“E1”)及其花粉不育近等基因系(包括S—d近等基因系，简称“E7”；S—e近等基因系，简称“E8”)与高州野生稻杂交，首先观察杂种F1的花粉育性，初步筛选S—d、S—e座位可能存在的花粉不育“中性基因”材料；然后追踪了F2的花粉育性，并利用与S—d、S—e座位紧密连锁的分子标记对F2进行分析，即从表型和分子两个水平，研究所选材料是否含有花粉不育“中性基因”。此外，还初步了研究高州野生稻遗传结构。本研究得到以下主要结果：
⑴高州野生稻的遗传结构。使用随机分布在12条染色体的23对SSR引物，对141份高州野生稻研究发现：23对SSR引物在供试居群中检出的等位基因数变化范围从2(RM516、RM111)到6(RM286)，平均为3.3913；有效等位基因数变化范围从1.0819(RM432)到3.3537(RM286)，平均为2.2583；RM286检测出的Shannon指数最大为1.3683。RM541和RM304固定指数最高为1.0000。不同SSR引物检测到的位点变异水平有很大差异，其中RM286检测出的各遗传参数均较高，能很好的反映居群变异。pop4多态位点比例、等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数均较高，分别为：95.65％、2.9565、2.0297、0.7793；pop5最低，以上参数分别为：43.48％、1.4783、1.3088、0.2553。
⑵高州野生稻与台中65及其花粉不育近等基因系杂交F1花粉育性。F1花粉育性因年份和组配方式的不同而出现明显的差异。其中2007早季，在E1组配的杂交组合中：E1×GZW054—3花粉育性最高，为97.27±0.02％；E1×GZW006—2最低，为60.56±0.14％。在E7、E8组配的杂交组合中：E7×GZW054—2花粉育性最高，为95.81±0.02％；E8×GZW026—4最低，为34.49±0.12％。2007晚季，在E7、E8组配的杂交组合中：E7×GZW054—3花粉育性最高，为97.04±0.05％；E7×GZW094—2最低，为40.77±0.10％。在2008年3月海南三亚材料中，E1×GZW054花粉育性最高，为96.74±0.02％；E8×GZW099—3最低，仅为2.74±0.03％。以上组合中，除由GZW054组配的组合外，其他的组合花粉育性均出现明显分离情况，表明其可能存在杂合性，需深入研究。
⑶S—d、S—e座位花粉不育“中性基因”的检测。GZW054与台中65及花粉不育近等基因系杂交F1花粉育性表现正常，其中E1×GZW054花粉育性为95.54±2.37％，E7×GZW054花粉育性为94.05±2.48％，E8×GZW054花粉育性为96.81％，经过t测验，它们之间无显著性差异。三个组合F2花粉平均育性均在90％以上。此外，与S—d、S—e座位紧密连锁的分子标记在F2群体中未发生偏态分离，分离符合1：2：1的比例，由此可以确定GZW054含有S—d、S—e座位花粉不育“中性基因”。