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本研究选取长江上游两种铜鱼属(Coreius)鱼类——铜鱼(Coreius heterodon (Bleeker))和圆口铜鱼(Coreius guichenoti (Sauvage et Dabry))作为研究对象,筛选它们的种间特异性间微卫星标记(ISSR, Inter simple sequence repeats),为铜鱼和圆口铜鱼及其早期资源的种类鉴定提供新的更为简便准确的分子生物学方法,为长江上游产漂流性卵鱼类的生物学及生态学调查研究提供技术支撑和基础资料。同时,采用ISSR分子标记技术分析了长江上游铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性及遗传分化状况,为更全面地揭示其种群遗传多样性现状提供新的资料,为研究这些鱼类群体遗传结构的变化和适应环境的遗传机制提供可供比较的基础资料。本研究于2009年4月至2009年05月,在长江上游干流合江、木洞和丰都3个地点采集铜鱼和圆口铜鱼幼鱼标本,每个地点每种鱼的样本量为30条。通过对铜鱼和圆口铜鱼的基因组DNA进行ISSR-PCR,从100个ISSR引物中筛选得到了3个特异性ISSR引物：UBC835、UBC836和UBC861,其PCR扩增产物的凝胶电泳图谱上具有5条铜鱼特有的电泳条带,分别命名为TYUBC835-600,TYUBC836-240、540、620,TYUBC861-520；另有7条圆口铜鱼特有的电泳条带,分别命名为YKUBC835.1000、1400；YKUBC836-570、680：YKUBC861-460、800、1200。上述结果表明,利用ISSR分子标记技术获得的铜鱼和圆口铜鱼的种间特异性条带可有效地区分铜鱼属的铜鱼和圆口铜鱼。本研究从野外采集的鱼卵中选取了经形态学方法初步鉴定为铜鱼属鱼卵和初孵仔鱼,用上述3个ISSR引物对其基因组DNA其进行PCR扩增,发现其中1粒鱼卵和4条仔鱼都具有与铜鱼幼鱼相同的特有条带,即TYUBC836-240、540、620,TYUBC861-520,提示这5份样本可能为铜鱼。同时,本研究还通过统计分析上述3个ISSR引物对铜鱼和圆口铜鱼进行PCR扩增所生成的电泳条带数量,对铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性进行了评估。通过计算铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性参数进行并与同类研究结果相比较,发现长江上游铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性相对丰富,受生境改变的影响不明显。利用群体间遗传距离对铜鱼和圆口铜鱼群体进行聚类分析,结果显示,铜鱼的3个地理群体聚为两支,圆口铜鱼的3个地理群体也聚为两支,但两种鱼的聚类情况存在差异,分析这可能与两种鱼来自长江上游江段的鱼卵和仔鱼的成活率,以及两种鱼对环境改变的适应能力有关。通过计算铜鱼和圆口铜鱼不同地理群体间的遗传分化系数并进行分子方差分析,结果表明长江上游铜鱼群体和圆口铜鱼群体均未发生地理群体间的遗传分化。