该文总结探讨了复杂系统的主要领域和研究方法,采用综合集成的思路探讨了三个方面:复杂系统研究方法,中医理论的阐述分析,作为研究手段的演化计算模型.我们讨论了开放复杂巨系统理论、SFI学派、控制论方法、中医理论等多个学科的思想,深入分析了还原方法和整体分析方法,系统研究的层次方向、建模手段,以及独具特色的中医理论方法.最终我们总结出功能关系综合分析作为复杂系统研究的综合方法,来研究分析复杂系统的整体结构、功能和内外部关系.中医理论是中国独一无二的复杂系统研究成果.基于对复杂系统的认识,通过对中医哲学方法论和西方科学研究方法论的比较讨论,我们尝试回答了中医理论的有效性问题.在此背景下,该文从复杂系统角度重新阐述和分析了中医理论体系的主要内容和方法概念,从哲学观、方法论高度重新勾勒了中医理论的基本框架:整体观人天观、阴阳五行学说、脏腑经络模型、诊断治疗理论实践,为结合中医理论和复杂系统研究走出了重要的一点.演化计算模型是复杂系统研究的重要手段.我们发现遗传算法和自然界生物存在的许多重大差距实际是一个密切关联的复杂系统不同方面.通过对二倍体结构、显隐性机制、减数分裂过程、动态环境的综合讨论,理清了这些结构和机制之间的功能关系.我们认为结构和相应的操作是在漫长的协同演化过程中相互适应不可分割的.而遗传算法的以往研究中往往只看到其中一个方面,对环境和算法模型的考虑过于简单,从而没有理清这一重要机制系统的意义和作用.我们将这一机制系统引入演化计算模型设计,并对哈密顿路径问题进行测试,实验效果良好.这样,就从算法、模型、生物学各方面对演化计算模型作出了发展,加深了认识.