ACE、ApoB、FOXO3A基因多态性及DNA甲基化与广西巴马长寿的相关性研究

来源 :广西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sophia0d
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目的了解血管紧张素转换酶(Angiotensin converting Enzyme,ACE)、载脂蛋白B(Apolipoprotein B,ApoB)、FOXO3A这三个候选基因在巴马研究人群中的分布,探讨其基因多态性与广西巴马长寿的相关性及基因-环境因素的交互作用。方法以广西巴马地区为研究地点,选择广西巴马县平洞、西山、甲篆三个相连的石山区乡镇为巴马县长寿区,其百岁老人比例在巴马地区排名前三位(分别为105/105、80/105、76/105)。与之一江之隔的那社、局桑两个土山区乡镇为巴马县非长寿区,其百岁老人比例在巴马地区排名最后两位(分别为21/105、15/105)。从巴马县第五次人口普查资料中统计90岁及以上的老人作为本研究的调查对象,在长寿集落区中,现场共收集到长寿老人177例(年龄90-110岁)为长寿组;现场采集到长寿组长寿老人所在家庭的直系成员121例(年龄5-83岁)为对照1组;有长寿家族史的老年人83例(年龄80-89岁)为对照2组;家族三代内无长寿老人的家庭直系成员140例(年龄4-87岁)为对照3组。在非长寿区中,现场采集到长寿老人23例(年龄90-105岁)为对照4组;无长寿家族史的健康对照者148例(年龄48-89岁)为对照5组。根据“知情同意”原则采集研究人群的血样,提取基因组DNA,分别以聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)和TaqMan探针实时荧光PCR技术进行基因分型,检测血管紧张素转换酶I/D多态性、载脂蛋白B基因XbaI多态性及FOX03A基因单核苷酸多态性。采用卡方检验及logistic回归分析等方法进行统计学处理。结果1.经检验,巴马研究人群的血管紧张素转换酶I/D多态性、载脂蛋白B基因XbaI多态性、FOX03A基因单核苷酸多态性均符合Hardy-Weinberg平衡规律,表明本次研究样本具有群体代表性,基因频率能代表群体的基因分布。2本研究结果显示,长寿组血管紧张素转换酶(ACE)基因DD、ID及Ⅱ基因型频率分别为9%、43. 5%、47. 5%,其D和I等位基因频率分别为30. 8%和69. 2%。长寿组与对照1组、对照2组、对照4组的基因型及等位基因频率比较没有统计学差异(P>0. 05)。长寿组DD基因型频率和D型等位基因频率高于对照3组(分别为4. 3%、20.4%)、对照5组(分别为6. 8%、22.6%) (P<0. 05)。单因素logisitic回归分析提示携带ID+DD基因型及长寿区环境可能是长寿的促进因素,ACE基因ID+DD基因型与环境对长寿的发生有正向交互作用,交互作用机制为超相乘模型。3.在本研究人群中,ApoB基因XbaI多态性以X-X-纯合型占优势,其次是X+X-杂合型,X+X+纯合型仅检出2例。长寿组与对照1组、对照2组、对照4组的基因型及等位基因频率比较没有统计学差异(P>0. 05)。长寿组的X+X-+X+X+基因型频率为13%,高于对照3组(5%)、对照5组(5.4%)P<0. 05)。X+等位基因的分布频率为6. 8%,高于与对照3组(2. 5%)、对照5组(2.7%)(P<0. 05)。单因素logisitic回归分析ApoB基因X+X-+X+X+型与长寿区环境可能是促进巴马长寿的因子,两者在巴马长寿的发生中起着正向交互作用,交互作用机制为超相乘模型。4. FOXO3A基因单核苷酸多态性与HapMap上的中国北京汉族人群相比较,除了 rs7762395、rs13230810以外,FOX03A基因研究其余位点的MAF在巴马人群中的频率远远高于中国北京汉族人(P<0.05)。FOX03A基因的5个SNPs位点的最小等位基因频率(MAF)在长寿组高于对照组(P<0.05)。单体型AG在长寿组中的频率高于对照组,而单体型TTTGTC在长寿组中的频率明显低于在对照组中的频率(P<0.05)。长寿区环境和FOX03A基因rs2764264、单体型GTC、CT在巴马长寿发生中起正向交互作用,而单体型TTT在巴马长寿发生中起负向交互作用。结论1. ACE基因DD基因型及D等位基因、ApoB基因X+X+基因型及X+等位基因、FOX03A基因的5个SNPs及2个基于LD构建的单体型可能与巴马长寿现象有一定的相关性。2.携带ACE基因ID+DD基因型、ApoB基因X-X++X+X+基因型、FOX03A基因rs2764264、单体型GTC、CT及长寿区环境可能会促进巴马人的长寿,ACE基因D等位基因、ApoB基因X+等位基因、FOX03A基因rs2764264及其单体型GTC、CT及长寿区环境可能对巴马长寿起着正向交互作用,两者间是协同作用。而FOX03A基因单体型TTT可能是巴马长寿的危险因素,其对长寿区环境在巴马长寿中的作用中起着拮抗效应。目的采用DNA混合池(DNA pooling)的方法,通过Roche NimbleGen甲基化芯片对长寿者及对照者的全基因组进行扫描,寻找与广西巴马长寿相关的异常甲基化区域。方法构建四个DNA混合池:①30例100-110岁的长寿老人;②30例90-99岁的长寿老人;③30例48-75岁的无长寿家族史的健康对照者;④30例76-85岁的无长寿家族史的健康对照者。前两个混合池作为长寿组,后两个混合池为对照组。采用Roche NimbleGen甲基化芯片技术对研究人群的全基因组进行扫描。使用SPSS软件及分子功能注释系统(MAS)方法进行数据分析。结果用 Kolmogorov-Smirnov test 方法计算 Pvalue,根据 Pvalue(P<0. 01)筛选出甲基化程度较高的序列,结果获得了 6441个高甲基化数据,从中检测到了 1616个高甲基化基因。其中,实验组比对照组高甲基化的基因有132个,主要涉及27个生物功能、41个代谢通路;而对照组比实验组高甲基化的基因有1484个,主要涉及28个生物功能、154个代谢通路。高甲基化基因在两组人群中均以涉及细胞过程、生理过程、生物调控等功能方面为主。胰岛素转导信号、自然杀伤细胞介导细胞毒性、B细胞受体信号、神经活性受体-配体相互作用等多种通路参与了巴马长寿的遗传机制。结论本研究初步获得巴马长寿相关的高甲基化基因图谱及其功能分类、通路途径,为DNA甲基化和长寿的相关研究提供了初步的证据。
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