水源水库肩负着提供人类饮用水的重任,水体中微生物在水体尤其是水源水体的生态、水质安全中发挥着重要作用,揭示水源水体的微生物种群多样性,探究微生物、藻类、生态因子之间的关系至关重要。根据近年上海水务部门监测,该水源地水质已呈现营养化的趋势^[4]。由于其位于长江口,而长江口属于海洋、淡水生物栖息地间的生态交错区域,其水域具有特殊的生态环境^[5]。另外,取自有高营养盐水平的长江水,水源地为浅水型且地处温带,水体在其中保留时间较长,流速小等因素为藻类增殖生长提供了适宜的环境条件^[6],因此该水源地自建成以来,藻类增殖一直是主要的问题之一。而藻源次生代谢产物及一些微生物也是引起水体异味的一个重要原因^[7],据报道近年来该水源地水体出现了“臭味”现象,极大地影响了饮用水口感。本研究以水源地5个取样点不同季节的样品为研究对象,利用基于16S rRNA基因和ITS基因的Illumina Miseq高通量测序技术研究该水源地微生物群落多样性、季节性变化、区系组成、群落结构及功能等情况,并结合环境因子分析其水质对微生物群落的影响,发掘微生物群落结构与环境的潜在联系。主要得出如下结论:5、7月份物种总数多,但生物多样性却有所降低。环境因子的理化参数表明此时间段内该水源地水质有富营养化趋势,水源地有藻类增殖的现象,这会导致微生物多样性降低;水源地藻类变化趋势夏季以蓝藻为主,秋冬季以硅藻为主;Cyanobacteria和Actinobacteria丰度在总体上呈相反的趋势,Actinomyces和Ilumatobacter丰度的变化趋势保持一致,与Bacillariophyta丰度变化相反;营养浓度越高的时间点,β-Proteobacteria的相对丰度越高;样品中还发现了一些溶藻细菌,它们在藻类的衰退及降解中起到关键性作用;水库外部的Proteobacteria、Acidobacteria、Nitrospirae进入水口后丰度降低,这些细菌进入水库后发生了衰退,而Cyanobacteria、Verrucomicrobia、Planctomycete有所富集,并沿水库流向递增。水库下游的Cyanobacteria升高证明了水库内富营养化现象有所增强;水库内部还有丰度较高的真核藻类Bacillariophyta（diatom）、Chlorophyta（green algae）、Cryptomonadaceae,这些真核藻类在水库外没有发现,这进一步证实,水库与水体富营养化趋势很可能有必然的联系;RDA环境因子分析表明高锰酸盐指数、氨态氮和硝酸态氮是影响水源地微生物群落结构变化的主要因素。