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广杆属线虫Caenorhabditis elegans,C.brenneri，C.briggsae，C.japonica，和C.remanei等全基因组测序工作均已完成，而这些物种的反转录转座基因(retrogenes)的鉴定及分析也已由研究人员完成。对此，随着C.sp.5基因组序列的测得，我们获得了极好的机会来鉴定这类新基因retrogenes，并且能够与其它广杆属线虫作比较分析。在研究中，本文采用严格的操作流程来鉴定反转录转座基因与嵌合基因。最终，在C.sp.5基因组中鉴定出43条retrogenes，其中29条是完整基因，另外14条是假基因。这些完整基因中相当大一部分是具有功能的。NCBI的搜索和InterProScan的预测均表明，与催化功能相关的基因在C.sp.5基因组中普遍分布。 谱系特异性基因(LSGs)与反转录转座基因(retrogenes)一样，也属于新基因。近年来随着基因组测序的迅猛发展，也得到了研究人员的广泛关注。本研究在C.elegans基因组中，鉴定出1423条C.elegans特有基因(SSGs)、4539条广杆属特有基因(GSGs)。随后，对这两类基因进行了包括基因长度、蛋白大小、外显子数目及GC含量在内的特征分析。对于SSGs和GSGs表达谱分析，我们采用EST与RNA-Seq数据结合的方法加以研究。而SSGs和GSGs功能研究方面，首先是在Wormbase上查找了基因的注释信息;接着又使用ProtFun在线软件，对这两类没有注释信息的基因的细胞功能分类(cellular roles)与基因本体分类(GO categories)进行预测分析。从注释信息和预测分析上，都可看出与性别决定、应激反应、免疫反应、转录、翻译以及生长因子功能相关基因的广泛存在于C.elegans基因组中。 综上所述，本文系统鉴定出了广杆属线虫C.sp.5中retrogenes与C.elegans中LSGs，并对这些新基因进行了进化、表达及功能预测等分析。该研究结果有助于基因的分子进化机制与表型的形成机制研究，同时对广杆属线虫基因从基因组学角度作了进一步注释。