基于组学分析的短密木霉降解咪唑乙烟酸基因鉴定

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咪唑乙烟酸(Imazethapyr)是我国农田中常用的除草剂之一,因咪唑乙烟酸除草效果好,价格低廉,被广泛应用与推广,特别是黑龙江省大豆田中使用量较大,但咪唑乙烟酸的长残性使其长期残留在土壤中,给农作物轮作带来了一定的困难,也给环境带来了巨大压力,因此找到咪唑乙烟酸降解机制,对解决咪唑乙烟酸的污染问题至关重要。为研究短密木霉(Trichodermta brevicompactum)发酵液对咪唑坐乙烟酸的降解能力,用富集培养基培养短密木霉,分别取3、5、7、9和11d的发酵液,同时用无机盐培养基和含咪唑乙烟酸的无机盐培养基分别培养短密木霉。将不同发酵液分别进行离心处理获得发酵液上清,用0.22 μm和0.45 μm微孔混合滤膜抽滤获得发酵液抽滤液。不同发酵液的降解率结果为:发酵液上清>0.22 μm混合滤膜抽滤液,发酵液上清>0.45 μm混合滤膜抽滤液,0.45 μm混合滤膜抽滤液和0.22 μm混合滤膜抽滤液无明显区别;富集培养基发酵液中,第7 d降解率相对较高。为探究短密木霉降解咪唑乙烟酸的蛋白质表达变化和相关代谢途径并鉴定咪唑乙烟酸降解基因,进行了蛋白质组测序,完成了蛋白质组数据与转录组数据联合分析。利用同重同位素相对与绝对定量(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRA Q)技术分析咪唑乙烟酸对短密木霉蛋白组的影响。蛋白质组共鉴定到4003个蛋白质,差异表达蛋白有353个,184个蛋白上调,169个蛋白下调;在差异蛋白显著富集的GO条目中,生物过程有195个差异表达的蛋白,富集在351条通路中,细胞组分中有129个差异表达蛋白,富集在62条通路中,分子功能中有220个差异表达的蛋白,富集在157条通路中;KEGG富集通路分析结果显示,有258个差异蛋白富集在105条通路中。通过蛋白质组分析,可有效找到短密木霉降解咪唑乙烟酸的相关蛋白,进而了解其代谢途径,为降解咪唑乙烟酸提供蛋白质水平和代谢水平的分子理论基础。完成了蛋白质组与转录组数据进行关联分析。定量蛋白质和基因的表达关联系数为-0.0472,显著差异蛋白质和显著差异基因表达关联系数为-0.1420,表达变化趋势相同蛋白质和基因表达关联系数为-0.7413,表达变化趋势相反蛋白质和基因表达关联系数为-0.7916;关联到24个差异表达基因与蛋白丰度相应变化,其中表达趋势相同有12个基因,同时上调7个,同时下调5个;同时上调的7个基因NCBInr数据库中功能已知的基因有2个,分别为TBU1425A和TBU3981A。经Q-pcr验证,表达变化趋势与蛋白质组和转录组一致,将TBU1425A和TBU3981A基因作为降解咪唑乙烟酸的候选基因。
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