新疆巴尔鲁克山生物多样性丰富、地理位置特殊。植物区系上处于几大植物区系边缘，西南方向上处于伊朗-吐兰（哈萨克斯坦）区系过渡到准噶尔区系、东北方向上西伯利亚-阿尔泰区系过渡到中亚-天山区系，是观测和研究中亚环境变化对生物多样性影响的最理想的天然实验室。另一方面，建立在巴尔鲁克山区内的“新疆巴尔鲁克山野巴旦杏自然保护区”是新疆最重要的野生动植物保护区，常常被称之为野生动植物的天堂，其主要保护对象是巴尔鲁克山森林生态系统以及野巴旦杏、野苹果等濒危珍贵物种。因此对巴尔鲁克山植物区系的研究对本区野生动植物的保护、生态环境保护以及对自然保护区晋升国际级保护区提供基础资料。本文从这个角度出发，在前人的研究以及深入野外调查和大量参考文献的基础上，采用植物地理学，植物区系学等相关学科的方法与理论，并运用数学统计方法，从自然地理概况、植物区系组成成分、地理成分、植被的生活型、生态型、区系中特有现象、残遗成分等方面对巴尔鲁克山植物区系进行了研究，同时与周边地区区系做相似性分析，对巴尔鲁克山植被进行了分区。主要研究结果如下：（1）巴尔鲁克山植物有高等植物86科461属1296种，其中蕨类植物6科8属11种，并建立的巴尔鲁克山植物名录。（2）巴尔鲁克山包含的大科有的三个，依次为菊科、禾本科、豆科，三大科种数和424种，比例分别占总种数的32.6%。（3）科的地理成分分析中，以世界分布科为主，共出现42世界分布科，占总科数的28.9%；本区属的分布区类型中北温带分布型占绝对优势，共出现178属，占总属数的38.6%。巴尔鲁克山属的地理成分跟阿尔泰山一样不出现中国特有种。种的地理成分分析中，温带分布为主，其中旧世界温带分布最多，出现297种，巴尔鲁克特有出现7种。（4）本区地面芽植物比例最早61.1%。这是温带地区植物生活型的最主要的一个特点。生态型的分析中本区旱生植物比例最高，所占比例为43.2％，这一生态型反应了巴尔鲁克山体地貌特征与气候条件。（5）与阿尔泰山、天山植物区系的相似性分析中，巴尔鲁克山和阿尔泰山是最为亲近的两个植物区系，而巴尔鲁尔克山跟天山植物区系间也有一定的相似关系，这证明巴尔鲁克山植物区系是阿尔泰山植物区系过度到天山的一个过渡性植物区系。（6）按照植物分区方案对本区植物区进行了分区。