大连地区汉族人群HLA-G基因3’非翻译区基因多态性及其与HLA-G表达的关系

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wenxiuyang521
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背景:人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigen,HLA)是人类的主要组织相容性复合体(MHC)的表达产物,其在免疫识别、抗原递呈、处理及加工以及调节免疫应答等方面发挥生物学作用。许多研究表明,HLA是许多疾病的重要遗传易感因子。HLA-G属于非经典HLAI类分子,该基因3’非翻译区(3’untranslated region,3’UTR)具有多态性。国内的研究报道了江苏以及云南人群的HLA-G基因3’UTR的基因多态性研究。在国外的一些研究中报道了巴西等国家的基因多态性研究。HLA-G基因3’UTR的基因多态性在不同的国家地区存在着差异。通过mRNA转录而来的s HLA-G是HLA-G基因表达的重要分子,对机体起着系统化免疫调节作用。HLA-G的5’和3’端的的多态性位点可能影响HLA-G的表达,从而影响着HLA-G分子的功能。目前,尚未见到大连地区汉族人群HLA-G基因3’UTR区域基因多态性及其与HLA-G的mRNA表达水平的相关性的研究报道。目的:调查大连地区汉族人群HLA-G基因3’UTR区域基因多态性,并探讨其与HLA-G的mRNA表达水平的相关性。方法:收集大连地区本地294例无血缘关系健康献血者静脉全血。这些献血者均为汉族,年龄18周岁-55周岁,其中男性215人,女性79人。使用全自动核酸提取仪提取血样DNA。应用PCR技术对样本DNA的HLA-G基因3’UTR区域进行扩增,并进行基因测序。使用直接计数法计数HLA-G基因3’UTR区域每个多态性位点的基因型个数,并计算基因型及等位基因频率。应用SPSS软件的卡方检验进行哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HW)检验以及不同人群HLA-G基因3’UTR区域多态性位点等位基因频率的比较。应用在线SHEsis(http://analysis.bio-x.cn/)进行HLA-G基因3’UTR区域多态性位点的连锁不平衡分析。应用Phase软件进行单倍型构建,获得单倍型频率及样本可能的双倍型。应用Poptree2软件计算各个国家及地区人群的HLA-G基因3’UTR区域的遗传距离,并构建基因进化树。使用淋巴细胞分离液分离外周血单个核细胞,并提取总RNA。应用逆转录反应将总RNA逆转录为c DNA后,应用实时荧光PCR(Quantitative Real-time PCR)技术,以β2M基因作为内参基因,检测HLA-G基因mRNA的表达水平,分析样本的双倍型与mRNA表达水平的关系。结果:经PCR扩增及基因测序后,,获得了大连地区汉族人群294例样本的HLA-G基因3’UTR区域23个多态性位点的序列信息。其中,+2961 14bp INDEL(rs37119462),+3003(rs1707)C/T,+3010(rs1710)C/G,+3027(rs17179101)A/C,+3035(rs17179108)C/T,+3092(rs180827037)A/C,+3120(rs760052251)C/G,+3121(rs138249160)A/G,+3142(rs1063320)C/G,+3183(rs187320344)C/T,+3187(rs9380142)A/G,+3196(rs1610696)C/G位点等12个位点具有多态性,经检验符合H-W平衡,其余11个位点均呈单态分布,不具有多态性。将大连地区汉族人群的HLA-G基因3’UTR区域的8个具有代表性的多态性位点的等位基因频率与其他18个国家及地区的人群进行比较分析,发现大连地区汉族人群的8个代表性多态性位点的等位基因频率分布与其他18个国家及地区人群的分布有所不同。对大连地区汉族人群以及其他18个国家及地区人群的HLA-G基因3’UTR区域8个多态性位点的等位基因频率进行分析,计算他们的遗传距离,并构建基因进化树,发现大连汉族人群与国内中国江苏人群及国外日本东京人群的遗传距离较近,偏离遗传背景。应用SHEsis软件进行分析,发现大连汉族人群HLA-G基因3’UTR区域中的8个位点(最小频率>0.03)呈现连锁不平衡。利用Phase软件分析,获得8种单倍型,其中频率>0.03的单倍型共有5种,以单倍型UTR-1(DELACGGGCG,频率=0.394558)最为常见。分析HLA-G基因3’UTR区域的+2961 14bp插入/缺失(14bp INDEL)、+3003 C/T、+3010 C/G、+3027 A/C、+3035 C/T、+3142C/G、+3187A/G和+3196 C/G等8个SNP位点不同基因型和HLA-G的mRNA表达水平关系,发现+3010(rs1710)C/G、+3142(rs106330)C/G以及+3187(rs9380142)A/G这3个位点的不同基因型的HLA-G mRNA表达水平存在差异(P=0.0109、P=0.0105和P=0.0058),未发现其余5个位点的不同基因型的HLA-G的mRNA表达水平存在差异。经Dunn’s multiple comparisons多重检验,结果显示,在+3010(rs1710)位点,基因型GG的mRNA表达水平低于基因型CC(P<0.01),在+3142(rs106330)位点,基因型GG的mRNA表达水平高于基因型CC(P<0.01),在+3187(rs9380142)位点,基因型GG的mRNA表达水平低于基因型AA(P<0.01)。应用Phase软件获得样本HLA-G基因3’UTR可能的双倍型,分析不同的双倍型和HLA-G mRNA表达的关系。结果显示,HLA-G基因3’UTR不同双倍型的mRNA表达水平的差异具有统计学意义(P=0.0075)。其中,双倍型UTR1-UTR1的HLA-G的mRNA表达水平低于双倍型UTR1-UTR3的HLA-G mRNA表达水平(P=0.0268)。结论:本研究获得了大连地区汉族人群HLA-G基因3’UTR多态性位点基因型、等位基因以及单倍型频率在人群中的分布数据,为今后研究大连地区汉族人群HLA-G基因3’UTR基因多态性与疾病的相关性,提供了基础数据。本研究发现大连地区汉族人群HLA-G基因3’UTR的等位基因频率分布与国内外的18个地区均有所不同,具有明显的地区独特性,这可能与地域及民族的不同有关。本研究还发现,大连地区汉族人群HLA-G基因3’UTR+3010(rs1710)C/G、+3142(rs106330)C/G以及+3187(rs9380142)A/G这3个位点的基因多态性与HLA-G的mRNA表达水平有关,HLA-G基因3’UTR双倍型与HLA-G mRNA的表达有关。
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