苎麻是多年生宿根性草本植物,也是作为纺织纤维的代表作物。本研究以中苎一号和青叶苎麻连作与非连作苎麻根际土壤为研究对象,应用Illumina Mi Seq测序技术,对苎麻连作与非连作的根际土壤细菌群落结构和真菌群落结构及多样性进行研究分析,探讨长期种植苎麻后土壤根际环境相关微生物变化形成的影响,并对苎麻根际土壤的理化性状指标进行测定,分析其与根际微生物的相关性。主要研究结果如下:1.同一环境下不同品种苎麻连作与非连作根际土壤细菌群落组成:中苎一号、青叶苎麻根际土壤（连作与非连作）细菌均以变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门和酸杆菌门、拟杆菌门为主要优势菌门。不同苎品种苎麻的连作根际土壤中主要细菌门类以变形菌门为主,分别占细菌总数48.8%和50%。而非连作根际土壤中主要细菌门类为酸杆菌门,分别占细菌总数39%和30%。主坐标分析表明,基于物种分类的中苎一号连作与非连作土壤细菌群落组成差异显著（R=1.000,P=0.006）,且青叶苎麻连作与非连作土壤细菌群落组成差异显著（R=1.000,P=0.006）。基于系统进化关系的分析连作与非连作土壤细菌群落组成皆呈显著差异,但不同品种间无显著差异（R=0.1099,P=0.087）。2.同一环境下不同品种苎麻连作与非连作根际土壤真菌群落组成:中苎一号、青叶苎麻根际土壤（连作与非连作）中真菌主要包括子囊菌门、担子菌门、壶菌门、接合菌门、球囊菌门、罗兹菌门。连作与非连作苎麻根际土壤真菌的门类间无明显变化,但各门类的比率发生了一些变化。主坐标分析表明,基于物种分类的中苎一号连作与非连作土壤真菌群落组成差异显著（R=0.5280,P=0.009）,且青叶苎麻连作与非连作土壤真菌群落组成差异显著（R=1.000,P=0.009）。中苎一号和青叶苎麻土壤真菌群落结构总体上呈显著差异（R=0.1392,P=0.029）。3.苎麻根际土壤细菌与真菌微生物群落与土壤理化性质的关系:对不同品种苎麻连作与非连作土壤进行土壤理化测定,在全钾、有效磷含量中不同品种苎麻连作分别与非连作土壤存在显著性差异。细菌门类与土壤理化性质相关性分析中变形菌门（Proteobacteria）与全氮、水解性氮呈极显著负相关（P＜0.01）,与有效磷、速效钾呈显著正相关（P＜0.05）。酸杆菌门（Acidobacteria）与全氮、水解性氮呈极显著正相关（P＜0.01）,与有效磷、速效钾呈显著负相关（P＜0.05）。真菌门类中子囊菌门（Ascomycota）与土壤理化因子呈不显著正相关。据Spearman热图可看出土壤理化性质与大部分细菌与真菌群落之间具有显著或极显著相关关系。结合RDA分析得出土壤全氮、有效磷、水解性氮含量对苎麻细菌群落影响较大,土壤全氮含量对苎麻真菌群落影响较大。