目的:第一部分:比较萋-尼氏抗酸染色法(简称Z-N)和金胺O荧光染色法(简称荧光染色)在痰涂片镜检中对结核分枝杆菌的检测效果差异。第二部分:流行病学研究表明由于监狱羁押人员的居住密度大,通风不良等因素导致结核病发病率高于普通人群数倍,同时由于监狱羁押人群的特殊性,也使之成为结核病防控的难点。本研究首次在国内对从监狱结核病患者临床分离的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)开展结核病分子流行病学研究,以阐明在天津地区监狱流行的MTB菌株主要的基因型以及结核病在监狱羁押人员中传播的主要模式,为监狱结核病的防控提供指导。方法:第一部分:纳入580份痰标本,挑取相同部位制成两份涂片,分别使用Z-N和荧光染色进行染色镜检,比较两种方法的阳性检出率、阳性分级标准及读片时间上的差异。将涂片后余下的痰标本采用全自动分枝杆菌检测/药敏系统做液体培养。第二部分:选取天津市结核病控制中心参比实验室菌株库中保存的2013年1月至2016年6月来自天津市监狱管理局羁押人员结核病患者痰标本中分离培养的124株MTB菌株,将菌株复苏传代,提取其基因组DNA。采用多重PCR试验检测菌株基因组中RD207和RD105差异序列的缺失情况,以鉴定北京基因型MTB;对MTB菌株大片段多态性研究中,首先检测MTB菌株基因组中NTF区中IS6110插入序列存在与否,区分北京基因型MTB在进化过程中所形成的北京基因型现代株与北京基因型古代株;RD181、RD150和RD142的大片段多态性进行分析以确定北京基因型菌株的各个进化分支;使用15个VNTR位点对菌株开展基因分型研究,分型数据采用Bio Numerics软件构建菌株的系统进化树图和聚类分析图,以确定菌株间相互进化关系和成簇菌株的比例。结果:第一部分:1、Z-N法阳性检出率为10.8%,荧光染色法为15.3%,两种方法比较差异有统计学意义(P<0.05)。2、对两种方法每一级别的结果进行c2检验,结果表明两种染色方法在各个分级没有统计学差异(P>0.05)。荧光染色法的读片时间要明显短于Z-N。第二部分:1、从天津监狱结核病患者分离培养的124株MTB菌株中,北京基因型MTB为116株,占全部分析菌株的93.5%,是绝对的优势菌株。2、对116株北京基因型MTB菌株基因组NTF区中是否存在IS6110出入序列分析显示96株(82.8%)为北京基因型现代株,20株(17.2%)为北京基因型古代株。3、基于大片段多态性对北京基因型MTB进化分支的分析中,7株北京基因型MTB为RD181(+)的菌株,而且这些RD181(+)北京基因型MTB菌株均为北京基因型古代株;13株北京基因型MTB为RD181(-)/RD150(+)的北京基因型性古代株;95株为RD181(-)/RD150(+)的北京基因型现代株;仅1株北京基因型为RD181(-)/RD150(-)的北京基因型性现代株。在所有的菌株基因组中均含有RD142片段,此差异序列在所分析的菌株中没有多态性。4、采用Bio Numerics软件对VNTR基因分型数据分析,使用UPGMA构建系统进化树,124株MTB菌株中93株(75%)为基因分型同簇株,共形成了18个基因分型簇,其中最大的分型簇由26株RD181(-)/RD150(+)北京基因型现代株组成,其余的31株MTB为基因分型独特型。使用MST聚类分析,124株MTB被分为三个复合群。8株非北京基因型菌株中,3株MTB和5株MTB分别构成成了复合群Ⅱ与复合群Ⅲ,116株北京基因型MTB组成了复合群Ⅰ。结论:第一部分:金胺O荧光染色阳性检出率略高于抗酸染色,证明荧光染色法是一种快速、灵敏的检测方法,对实验室工作效率的提高以及肺结核的诊断具有重要意义。第二部分:天津监狱羁押人员中,北京基因型MTB传播的最为广泛,是绝对优势菌株。大片段多态性分析结果显示至少有4个北京基因型菌株的进化分支在天津监狱中流行,但不同北京基因型进化分支在天津监狱结核病患者中的流行状况存在着很大的差异,其中的一个分支RD181(-)/RD150(+)北京基因型现代株在监狱羁押人员中的传播能力远远强于其他的分支。对分离菌株基因分型表明近期感染(外源性感染)是MTB在监狱羁押人群中传播的主要模式,同时部分肺结核患者是由于体内潜伏的MTB复发(内源性感染)所造成的。本研究的数据显示非常有必要对监狱羁押人员开展连续的分子流行病学监测工作。