蛋白质组学技术的发展为功能基因组学研究提供了新的角度和方法。从蛋白质组学角度研究山羊皮肤毛囊发育过程,通过差异蛋白质组学研究寻找积累绒毛性状相关的标记蛋白进而实现指导绒山羊育种实践是山羊育种研究的新途径。角蛋白家族普遍在毛囊中表达,同时也是羊绒的主要成分,可能是毛囊发生发育的重要调控因素。本研究利用iTRAQ标记结合LC-MS/MS对内蒙古绒山生长期和休止期体侧皮肤进行鉴定和标记定量,结合生物信息学手段从GO,KEGG,蛋白质互作等方面分析其差异表达蛋白质。本研究构建了山羊蛋白质表达谱,拓展山羊基础蛋白质数据库,得到了山羊皮肤生长期和休止期差异表达蛋白质谱,为筛选绒毛性状相关基因提供基础数据,为功能基因组研究提供支撑数据。研究结果主要如下：(1)共鉴定内蒙古白绒山羊皮肤组织蛋白质724种蛋白质,其中能匹配两个独特肽段以上的蛋白质的高可信度蛋白质721种。鉴定到角蛋白家族蛋白质44种,占表达谱蛋白数的6%。(2)得到158个差异表达蛋白质。72个表达上调蛋白,86个表达下调蛋白。9种角蛋白表达上调,2种角蛋白表达下调(3)得到一个由40个皮肤差异表达蛋白组成的蛋白互作网络。