伴随我国医疗保险参保人员数目的不断增加，目前我国的医疗保险覆盖范围逐步扩大，随之而来的医疗保险收费问题成为参保者关注的重点。如何及时有效的完成医疗保险收费，对现有的收费系统更新升级成为我国医疗保险系统改革的重要课题。医疗保险改革的不断深入带来了医疗保险基金的不断增长，如何在常规报表功能基础上增进医疗保险基金管理系统新功能，进而建立一套系统化医疗保险基金管理体系是相关部门研究的重要内容。目前的医疗保险收费系统1.0版为三层体系结构，本文以此为对象进行研究，结合现阶段我国医疗保险发展，设计医疗保险收费管理系统2.0。医疗保险收费系统1.0针对大批量医疗保险客户发放划卡，用于每次结算。两个方面做了改进，一是在更新升级的医疗保险管理系统2.0中，加入了新的Tuxedo中间件平台软件，能够有效增大对通信需求的反应力度，并提前将相关数据同步在医院前置数据库中，如果出现医疗保险中心网络故障，医院依然能够有效连接系统，顺利完成医疗保险参保人员的划卡结算工作。二是笔者详细研究了数据挖掘的相关理论，通过对历史报销数据的分析，建立了病种与使用的药品和诊疗项目之间的联系，以便有效控制大病统筹基金的支出。该种联系模型中应用了Pro-Apriori关联分析算法，将传统单一联系的产品名录转化为多项联系，该关联库中的诊疗项目、药品和病种在关联库和k-means聚类分析算法的帮助下能快速得出结果，并根据医院信用情况将医院分为差级、中级以及优级三个等级，方便医疗保险用户选择更合宜的医院就医。作为医疗保险管理系统更新升级的一项尝试，本文研究设计的医疗保险收费管理系统2.0经过部分试点地区的使用，目前取得了较好的医疗保险收费效果，医疗保险用户不仅能在任何时间正常结算相应费用，同时能使医疗大病统筹基金的支出得到有效控制。希望相关的理论研究和实证说明能为后期医疗保险费用管理系统的改革创新提供参考意见。