江苏省甲型流感病毒遗传变异及耐药突变研究

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研究背景:抗流感病毒药物是治疗和预防流感最为有效的方法之一,早期、有效的抗病毒药物治疗可缓解流感症状、缩短病程、减少并发症。临床上主要有两种抗流感病毒药物,分别是烷胺类药物和神经氨酸酶抑制剂。目前人类中流行的A型流感病毒已对烷胺类药物普遍耐药,而对神经氨酸酶抑制剂大多保持敏感,但依然有零星的耐药株产生。为了更好地了解当前流行的流感病毒对药物的敏感性,并为临床合理用药提供依据,开展流感病毒耐药性监测至关重要。研究目的:对2016-2018年江苏省国家级哨点医院的流感监测数据进行流行病学特征分析,了解当前的疫情趋势,对流感暴发或流行及时预警,并结合当前情况探讨流感防控对策;对江苏省2016-2019年A型流感病毒的遗传变异和耐药突变情况进行分析,了解其对神经氨酸酶抑制剂的敏感性情况,以期为A型流感病毒耐药候选位点的筛选和临床用药指导提供依据。研究方法:1.实验研究:收集江苏省2016-2019年流感样病例的咽拭子标本,对阳性病例进行亚型鉴定和病毒分离培养。通过表型分析法对神经氨酸酶耐药毒株进行筛选,通过基因型分析法采用特异性引物扩增HA和NA基因片段。2.统计分析:使用Excel 15.30软件对2016-2018年江苏省国家级哨点医院及网络参比实验室的流感监测数据进行整理,使用SPSS 21.0软件进行统计分析。使用GraphPad Prism 5软件绘制剂量-反应曲线,计算半数最大抑制浓度(IC50)。从GenBank数据库下载参考株序列,使用Lasergene 7.0 DNAStar软件包中的MegAlign、Edit Seq对目的基因序列进行拼接、修剪,使用Molecular Evolutionary Genetics Analysis(MEGA)7.0软件进行序列比对,对目的基因及氨基酸序列进行分析。研究结果:1.流行特征:2016年1月-2018年12月江苏省哨点医院累计报告流感样病例(ILI)1915844例,采集标本91823例,分离流感病毒阳性11016株,ILI%平均值为5.64%,分离阳性率为12.00%。各年龄组阳性病例数,以0组3453例最多,其次是5组3356例,最少的为60仅671例;不同年龄组的ILI分离阳性率差异有统计学意义(χ2=485.689,P<0.001)。男性和女性流感样病例分离阳性率分别为11.74%和12.29%,女性的流感分离阳性率高于男性(χ2=6.62,P=0.01)。苏南地区流感样病例分离阳性率高于苏中和苏北地区(χ2=74.88,P<0.001)。2.病原学特征:2016年-2018年流感阳性病例分离比例最高为季节性H3N2(3666例),其次为H1N1pdm09(3355例)和B型Victoria系(2491例),人感染H7N9禽流感病毒仅分离2株,另外混合型25例,未分型64例。不同性别感染甲型乙型流感之间差异无统计学意义(χ2=0.010,P=0.92>0.05)。3.流行趋势:以江苏省2016年第1周至2018年第50周(每年52周,共154周)ILI数据建立ARIMA模型,得到预测模型为ARIMA(0,1,2)。应用该模型对江苏省2018年第51周和第52周的流感样病例检测数进行回代预测,2018年第51周和第52周的预测值及其95%CI分别为17431(1354821314),18851(1496822735),其实际观测值分别为18752和19983,均位于预测值的95%CI内。4.表型分析法耐药结果:根据《国家流感监测技术(2017年版)》中规定的A型流感病毒表型分析法药物敏感性的划分标准,纳入本次试验的74株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒中,有4株对Oseltamivir的敏感性降低,5株对Oseltamivir的敏感性高度降低;以及4株对Zanamivir的敏感性降低,2株对Zanamivir的敏感性高度降低。纳入本次试验的16株季节性H3N2对Oseltamivir和Oseltamivir均敏感。16株季节性H3N2中,对Oseltamivir的半数最大抑制浓度IC50为0.24±0.06 nmol/L,对Zanamivir的半数最大抑制浓度IC50为0.3106±0.07 nmol/L。纳入本次试验的5株人感染禽流感病毒H7N9中,发现一株对Oseltamivir的敏感性降低,其余均保持敏感。5株H7N9禽流感病毒中,对Oseltamivir的半数最大抑制浓度IC50最大值为46.21,最小值为0.6716,中位数为0.8909;对Zanamivir的半数最大抑制浓度IC50最大值为5.568,最小值为0.5832,中位数为0.7069。5.基因型分析法耐药结果:95株病毒中共5株A型流感病毒发生耐药相关突变,耐药突变频率为5.26%,发现3种类型的NA耐药位点突变,分别是E119K、H274Y和D151G。本次研究中,来自江苏淮安清江浦地区的5株A(H1N1)pdm09(SWL1976、SWL11523、SWL1967、SWL11516和SWL11041)都出现了对Oseltamivir敏感性降低/高度降低的情况,但基因型分析法未发现已知的耐药位点变异。通过对其NA基因氨基酸位点的分析,发现对Oseltamivir敏感性高度降低的SWL1976、SWL11523、SWL11041三株均发生了S105N突变。研究结论:江苏省2016-2018年流感监测的结果显示,三年间流感样病例呈上升趋势。流行病学监测数据显示,15岁以下儿童是流感病毒侵袭的主要人群,提示在流感流行季节需要额外关注对儿童的防护,加强对幼托机构、幼儿园、中小学等机构的消毒工作。病原学监测结果来看,江苏省流感病毒H1N1pdm09、季节性H3N2、B型Victoria和B型Yamagata同时在人群中流行,每年以不同优势株交替或同时出现。江苏省流感的发病高峰集中在冬春季节,冬季发病以A型流感病毒为主,春季以B/Victoria发病例数最高。A型流感病毒耐药突变发生的频率较高。当前流行株对Zanamivir保持敏感,但对Oseltamivir的敏感性下降。江苏淮安清江浦地区发现了NAI药物敏感性降低株地区性聚集的现象,因此应持续加强对该地区流感病毒的耐药监测,预防耐药株的流行。
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