乙肝病毒全长基因组整合于转基因小鼠品系[＃]59的第9号染色体内。该转基因小鼠体内有乙肝病毒蛋白显著表达但并不合成完整病毒颗粒。因此，[＃]59系转基因小鼠在本研究中被用作动物模型，观察乙肝病毒蛋白影响下，宿主肝、肾组织的基因表达谱改变。 Affymertrix小鼠430A芯片实验数据表明，与乙肝病毒蛋白阴性对照小鼠相比，转基因小鼠肾组织显著上调表达基因520个，显著下调表达基因76个。差异表达基因功能归类分析显示，转基因小鼠肾组织中补体激活、凝血与急性期反应相关生理通路被强烈激活。斑点免疫检测亦在蛋白水平证实了补体C3成分在肾组织中的上升。[＃]59系转基因小鼠体内并无乙肝病毒蛋白抗原一抗体复合物检出。因此，上述实验观察从动物模型的角度支持了局部、长期的病毒蛋白表达在乙肝相关性肾病病因学中起重要作用的假说。 基因芯片实验结果显示，转基因小鼠肝组织中显著上调表达基因43个，显著下调表达基因104个。其中多个与细胞生长、凋亡相关基因如Jun、Fos、Igfbpl、Igfbp5、LJsp2等的表达发生显著改变，表明肝组织细胞生长与凋亡状态受到乙肝病毒蛋白的显著影响。但是，以上细胞凋亡调控通路改变的趋势并不一致，故此，肝细胞在乙肝病毒蛋白作用下的凋亡水平变化尚有待进一步研究。 转基因小鼠肝组织基因表谱达改变还提示肝组织细胞中肌动蛋白聚合水平下降，网络化水平上升，导致潜在移行能力下降。同时，某些细胞间质相关基因的表达改变也提示细胞的潜在移行能力与侵犯能力下降。这一观察与文献报道中HBX的生理效能似成拮抗。其生物学意义有待进一步观察与证实。