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为保护和合理利用我国地方山羊品种遗传资源提供理论基础,本研究以我国9个地方山羊品种新疆山羊、柴达木山羊、陕南白山羊、河西绒山羊、凤庆无角黑山羊、龙陵山羊、马关无角山羊、建昌黑山羊、板角山羊,1个引进品种波尔山羊为研究对象,参考国际农粮组织(FAO)和国际家畜研究所(ILRI)联合推荐的引物,选取了其中10对微卫星引物：INRA023、INRA063、INRABERN185、P19(DYA)、SRCRSP23. SRCRSP9、TCRVB6、OarAE54、ETH10、SRCRSP3,以ABI3130XL全自动基因分析仪为平台,结合荧光—多重PCR技术,对447个个体进行检测。经分析结果如下：(1)在10个微卫星座位上共检测到了119个等位基因,平均每个座位的等位基因是13.7个,TCRVB6座位的等位基因数最多,达到19个, ETH10座位的等位基因数最少为6个,其余座位的等位基因数在11～18个之间,座位有效等位基因数在1.4641-9.2911之间；从品种看,波尔山羊平均等位基因数为4.6个,大部分中国地方山羊品种的平均等位基因数高于波尔山羊,只有凤庆无角黑山羊的等位基因数比较少。(2)10个山羊品种在10个微卫星座位上,平均期望杂合度为0.5128～0.6912,观测杂合度为0.4224～0.6929,多态信息含量为0.4730-0.6716。10个微卫星座位中,1个属于低度多态座位,1个属于中度多态座位,8个属于高度多态座位,可以用于山羊的遗传多样性的分析研究。(3)9个地方山羊品种与1个引进品种之间有很大差异,两者之间的遗传距离较大。地方品种彼此之间的遗传距离都相对较小(DA=0.0750～0.3972,DS=0.0297～0.5771)其中河西绒山羊和新疆山羊之间的遗传距离最小(DA=0.0750,DS=0.0297),引进品种波尔山羊与中国地方山羊品种之间的遗传距离都较大(DA=0.3458～0.6340,DS=0.4008-1.1549)。(4)综合NJ/UPGMA聚类图、主成分分析和STRUCTURE结果,表明本研究10个山羊品种可以分为四大类：新疆山羊、柴达木山羊、陕南白山羊、河西绒山羊和凤庆无角黑山羊为第1类；龙陵山羊、马关无角山羊、建昌黑山羊为第1I类；板角山羊为第1II类；引进品种波尔山羊为第Ⅳ类。结果与品种的起源、育成历史及地理分布基本一致。