随着经济的迅猛发展，企业规模的扩大，企业对工程项目的投资不断增长。为了提高投资效益、节约投资、减少工程项目建设中的浪费，规范工程项目管理，建立健全工程项目内部控制制度，己成为企业迫切需要解决的问题之一。随着企业内部控制理论研究的不断深入，人们对内部控制环境也越来越重视。控制环境决定着一个组织的基调，它影响着整个组织内工作人员的控制意识并且是其他控制要素的基础。我们通过对烟草企业工程项目内部控制环境的现状及存在问题进行系统分析，指出了该企业在工程项目内部控制上存在的缺陷，并提出了相应的改进制度。本文以A省烟草公司为案例，分析了该烟草公司工程项目内部控制的现状以及存在的问题。在此基础之上，对该公司的工程项目内部控制流程制度进行了构建，并且对该烟草公司工程项目内部控制实施的关键点进行了研究。此外，提出了工程项目内部控制的设计原则，并按照工程项目的建设流程对工程项目的内部控制进行了设计。同时，引入风险管理的思想提出对工程项目整个投资过程进行全面的风险管理。通过将内部控制的思想全面运用到工程项目管理中，以指导督促工程项目管理工作，帮助解决工程项目管理中存在的困难和问题，提高我国工程项目内部经营管理水平，保证企业的工程项目真正在企业管理者的控制之下。最后，针对我国的实际情况，提出了确保工程项目内部控制有效实施的几项配套措施与建议。