二十一世纪以来,在中国发生的重大传染病疫情不仅严重地威胁到公众的生命健康,而且给经济的发展和社会的稳定带来了极大的危害。由于地方政府对本地的公共安全和社会稳定负有直接责任,并且统一领导和协调重大传染病疫情的应对工作,因而地方政府应对能力的强弱是有效应对重大传染疫情的重要决定因素。自2003年“非典”事件后,为了加强在“非典”事件应对过程中暴露出的薄弱环节,地方政府开始了以“一案三制”(即应急预案、应急体制、应急机制、应急法制的简称)为主要内容的应急管理体系建设历程,并将重大传染病疫情应对能力建设放到了重要日程,但目前缺乏系统的政府应对能力研究成果提供理论参考。本研究从发生在中国的“非典”疫情、人致禽流感和甲型H1N1疫情特征及扩散机理分析入手,结合国内外对重大公共卫生事件应对体系的研究成果,以管理学为基础,综合运用社会医学、预警管理、应急管理、统计学等相关理论,以重大传染病疫情地方政府应对能力为研究对象,运用空间分析、概念建模、问卷调查、统计分析等方法,对重大传染病疫情地方政府应对能力的一系列问题进行了研究。本研究的主要研究内容和结果包括：(1)重大传染病疫情的特征与扩散机理的研究。运用Moren’s I指数进行空间分析,描述了重大传染病疫情的特征,并根据疫情特征归纳出重大传染病疫情的扩散机理。扩散机理揭示了重大传染病疫情扩散动力、应对主要任务与所需能力要素三者的关系为重大传染病疫情每个时期扩散动力的不同则要求地方政府完成该阶段主要任务的应对能力要求各异。(2)重大传染病疫情地方政府应对能力构成要素概念模型的研究。基于重大传染病疫情扩散动力、应对主要任务与所需能力要素三者关系,结合目前中国公共卫生突发事件应对体系存在的主要问题,即一定程度上存在“重救轻防”的思想、预警预控功能不足、缺乏权威的突发公共事件应对综合专业部门等,提出了地方政府应对能力构成要素理论模型,该模型包括应对准备、预警管理、应急处理、疫后处理四类宏观能力和23个微观构成要素,即预案制定、应急物资储备、常设组织功能、组织体系、健康教育、预案演练、预案更新、“重救轻防”思想、专业人员培训、应急制度建设、预警管理体系、预警工作、预控对策选择、决策参考意见、疫情信息发布速度、部门间联动、应急决策执行、医疗卫生队伍救援速度、领导联动意识、现场指挥部的作用、应急评估工作、应急管理工作完善、政府对次生事件防范。(3)重大传染病疫情地方政府应对能力概念模型的实证研究。通过对重大传染病疫情应对效果的影响因素的实证分析,重大传染病疫情地方政府应对准备能力主要包括预案制定、应急物资储备、常设组织功能发挥、组织体系建立能力；预警管理能力主要包括预警管理体系的建设能力；应急处理能力主要包括应急决策、快速发布疫情信息、部门联合行动、应急决策执行能力；疫后处理能力主要包括政府对次生事件防范能力。并且通过专家意见数据检验了部分应对能力构成要素,结果显示,该模型具有较好的解释能力。(4)目前地方政府应对能力建设问题研究。从地方政府具体应对行为与应对效果的回归模型中解释变量系数,即应对能力具体构成要素的回归系数,发现组织体系建设、预警管理体系建设和疫情信息快速发布能力需要提高。在综合考虑重大传染病疫情应对能力具体构成要素的作用大小和目前情况,提出预案演练、预案更新、“重救轻防”的思想及预警管理体系建设能力也需要逐步改善。本研究的主要创新点包括：(1)运用地理信息系统技术,探究了重大传染病疫情件时空演变特征,揭示了扩散动力、政府应对主要任务与能力要求之间的关系。(2)提出了重大传染病疫情地方政府应对能力模型。基于扩散动力、政府应对主要任务与能力要求之间的关系,结合目前重大公共卫生应对体系存在问题,提出了重大传染病疫情地方政府应对能力概念模型。(3)整合政府应对行为数据、应对效果数据与专家意见数据对重大传染病疫情地方政府应对能力进行了验证。通过对问卷调查获得的政府应对行为数据、应对效果数据的有序逻辑回归分析,验证了地方政府应对能力概念模型,并通过专家意见数据检验了模型的解释能力。还通过地方政府应对行为数据统计分析、综合考虑地方政府应对能力构成要素的作用大小及现状,发现了地方政府应对能力发展存在的主要问题,并提出完善这些能力的政策建议。