高内涵筛选新型组蛋白去甲基化酶

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组蛋白可以被甲基化,进而调控基因转录、染色体结构、胚胎发育、癌症的发生发展等重要生物过程。组蛋白甲基化主要发生在赖氨酸和精氨酸上。这种翻译后修饰是动态变化的,由甲基转移酶加上,由去甲基化酶去除。目前已知的组蛋白去甲基化酶有两个蛋白家族:LSD1蛋白家族和含有JmjC结构域的蛋白家族,共有20个组蛋白赖氨酸去甲基化酶,能够作用于组蛋白H3K4me1/2/3、H3K9me1/2/3、H3K27me1/2/3、H3K36me1/2/3和H4K20me1。而H4K20me2/3和H3K79me1/2/3的赖氨酸去甲基化酶仍待发现,目前也还没有确定的精氨酸去甲基化酶被鉴定出来。  本研究中,我们建立了一个高内涵筛选新的组蛋白去甲基化酶的方法,并从2,500个细胞核定位的基因中筛选出以KDM9A为代表的一类新的组蛋白H4K20的去甲基化酶。在细胞内,过表达KDM9A于HEK293T细胞中能特异地降低H4K20me1/2/3的水平。在体外,表达纯化的GST-KDM9A能特异地去除H4K20me1/2/3。KDM9A催化的去甲基化会产生甲醛及去掉甲基的多肽。KDM9A的酶活需要Fe(Ⅱ),α-酮戊二酸和抗坏血酸作为辅因子,且KDM9A会与Fe(Ⅱ)和α-酮戊二酸相互作用。酶活结构域的研究表明KDM9A的去甲基化酶活需要其中的两个结构域,通过结构域比对我们找到并确定KDM9B也是一个H4K20的去甲基化酶。为了探讨KDM9在细胞内的功能,我们进行了ChIP-seq分析,结果表明KDM9A/B会在其结合区域调控H4K20的甲基化。进一步与RNA-seq一起分析得知,KDM9A/B会通过去甲基化H4K20me1激活基因的转录,会通过去甲基化H4K20me3激活重复序列的转录。综上,我们找到了一个新的组蛋白去甲基化酶家族。
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