通过对分布区域具有典型代表的中国4个驴品种德州驴、关中驴、凉州驴和新疆驴95个个体mtDNA D-环的研究，旨在分子水平上探讨中国家驴的起源和遗传多样性，为家驴品种遗传资源的保护和利用提供科学理论依据。本研究采用clustalX软件进行同源序列比对；Dnasp4.10软件用于遗传多样性分析、计算单倍型多样度、核苷酸多样度，平均核苷酸差异；MEGA3.1软件用于采用邻接法和平均数不加权的组对法构建系统发育树，并进行系统发育关系分析；NETWORK软件用于网络关系分析，对中国4个家驴品种95个个体的mtDNA D-环部分序列进行测序，以欧洲家驴线粒体基因组为对照进行分析，结果表明：中国家驴4个品种95个个体385bp序列共检测到核苷酸多态位点32个，其中30个位点为转换，1个位点为颠换，1个位点有插入现象。95个序列由30个单倍型组成，单倍型比例为31.6％。德州驴单倍型比例最高为88.9％，新疆驴单倍型比例最低为36.3％。30个单倍型构建系统发育树和网络关系均表明，30个单倍型聚为两支。引用Genbank已登录的13条序列，包括亚洲野驴6个，非洲野驴索马里分支3个，克罗地亚驴3个，欧洲家驴1个，30个单倍型结合13条引用的序列信息，分别构建系统发育树和网络亲缘关系图，结果表明：中国4个家驴品种同样分为两大分支，说明中国家驴可能有两个母系起源同时揭示了更详细的遗传信息，中国4个家驴品种与非洲野驴亲缘关系更近一些。本研究涉及的中国家驴品种与非洲野驴的进化亲缘关系较亚洲野驴近，支持中国家驴起源于非洲野驴的观点，没有发现亚洲野驴对中国家驴品种起源有贡献的证据，并且通过引用欧洲家驴序列信息从分子水平推断中国家驴可能起源于非洲野驴中的索马里野驴分支。另外，德州驴保种效果好，新疆驴需要加强保护。