中草药发挥药理作用往往是多个活性成分作用于不同生物靶分子的共同结果。因此，在分子水平上研究中药化学成分与生物靶分子之间的相互作用不仅有助于阐明中药发挥药效作用的机理和物质基础，还能为新药的设计和开发提供有意义的指导。　　 本论文选取存活素基因启动子中关键的DNA序列以及钙调蛋白作为与肿瘤相关的生物靶分子，利用软电离质谱技术分别研究了不同中药化学成分与两种靶分子之间的相互作用：　　 利用正、负离子电喷雾质谱(ESI-MS)和串联质谱系统地研究了40种中药化学成分单体(包括13种生物碱、20种黄酮以及7种人参皂苷)与双链DNA靶分子之间的相互作用，计算并比较了不同中药化学成分与双链DNA靶分子的相对结合强度，阐明了其构效关系，并根据质谱数据进一步推断了这些化学成分与DNA靶分子的作用方式。通过对生物碱成分与双链DNA靶分子作用的研究，首次发现了3种生物碱(利血平、小檗胺和粉防己碱)与DNA分子之间的相互作用；通过对黄酮成分以及人参皂苷与双链DNA靶分子作用的研究，发现药物与DNA靶分子的结合强度与苷元的类型、糖配基的结构和位置都有密切联系。　　 利用离心超滤-高效液相色谱-串联质谱联用技术(CUF-HPLC-MSn)分别考察了两种具有抗肿瘤活性的中药黄酮提取物中各种化学组分与双链DNA靶分子的相互作用，从中筛选出与DNA靶分子相结合的7种黄酮成分，并利用串联质谱对其结构进行了鉴定。　　 首次将强度衰减基质辅助激光解吸电离质谱法(Intensity-fading MALDI-MS)引入配体分子与蛋白质相互作用的研究中。利用该方法考察了钙调蛋白与多肽、吩噻嗪类药物以及中药生物碱成分之间的相互作用，并通过滴定实验和竞争反应，比较不同配体与钙调蛋白的相对结合强度。　　 本论文充分证明了软电离质谱技术在检测中药化学成分与生物靶分子相互作用研究中的应用前景。研究结果不仅能够为阐明中药化学成分单体以及中药提取物的抗肿瘤作用提供实验参考依据，还能够为进一步筛选中药活性成分提供了快速、灵敏、强有力的软电离质谱技术平台。