玉米糖转运蛋白基因家族鉴定及演化与表达分析

来源 :沈阳农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tomjohn3168
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光合作用产生碳水化合物,这是植物生长发育的基础。例如,蔗糖、葡萄糖、果糖以及糖醇等,可以从“源”端运输至根、雌蕊、雄蕊、种子等“库”端异养组织中,供给能量和物质;同时也可以作为信号分子,参与调控植物的生长发育;或者在非生物胁迫下作为渗透调节物质缓解植株的伤害。这些可溶性糖在植物组织、器官和细胞间的转运是由不同类型的糖转运蛋白家族介导,其成员众多,演化机制复杂。玉米(Zea mays L.)是世界上最古老和最重要的农作物之一,在我国的农业生产中具有重要的地位。本研究利用比较基因组学,在玉米基因组数据库中糖转运蛋白鉴定的基础上,对其进行系统发育、演化和表达模式分析,并对其功能进行初步研究。这为探究玉米糖转运蛋白家族基因功能奠定基础,也丰富了玉米抗逆性育种基因资源库。对玉米营养品质的改良以及提升植株耐逆性具有理论指导意义。主要结果如下:1.在玉米全基因组鉴定到98个糖转运蛋白,都属于Mt N3_slv和MFS超家族,根据其序列结构特征和底物特异性分为:SWEET糖转运蛋白家族(Sugars Will Eventually be Exported Transporters,SWEET):具有双向转运蔗糖和单糖能力,有25个成员;蔗糖转运蛋白家族(Sucrose transporter,SUT):具有转运二糖(主要为蔗糖)的能力,有7个成员;单糖转运蛋白家族(Monosaccharide Transporter,MST),具有转运单糖能力,分为7个亚家族:己糖转运蛋白家族(Sugar transport proteins,STP),转运己糖,有23个成员;多元醇转运蛋白家族(Polyol/monosaccharide transporter,PMT):转运多元醇,有20个成员;液泡葡萄糖转运蛋白家族(Vacuolar glucose transporters,VGT):转运葡萄糖,有2个成员;早期干旱胁迫响应类蛋白家族(Early-Responsive to Dehydration six-like,ERD),有9个家族成员,具有转运可溶性糖、脯氨酸等小分子化合物的能力;此外,还有肌醇转运蛋白家族(Inositol transporter,INT)、质体葡萄糖转运蛋白家族(Plastidic glucose transporter,p Glc T)和液泡单糖转运蛋白家族(Tonoplast monosaccharide transporters,TMT),分别具有转运肌醇、葡萄糖、单糖的能力,均含有4个成员。通过构建单子叶植物玉米、水稻和双子叶植物拟南芥的糖转运蛋白进化树,玉米与水稻的糖转运蛋白基因家族的同源性较近,与拟南芥相对较远。这表明玉米糖转运蛋白家族有些基因的祖先在110百万年前单双子叶植物分化以前就产生了。并且在基因在玉米SWEET、STP和PMT家族发生了扩张,而在ERD亚家族中发生了丢失。2.玉米糖转运蛋白各个家族内部进化具有保守性;差异基因长度的变化主要是由于内含子的插入缺失或外显子融合导致。在对玉米糖转运蛋白家族各亚家族的基因结构和序列分析发现,除STP亚家族中有3个成员,SUT、PMT、INT家族中各有1个成员的基因结构与其他亚家族成员差异较大外,玉米糖转运蛋白各亚家族成员的外显子和内含子分布相似,并且具有相同的保守基序。3.染色体定位结果显示玉米糖转运蛋白家族基因不均衡分布在10条染色体上:其中SWEET家族的25个成员分布在10条染色体上;而VGT亚家族的2个成员只位于5号染色体上。并且基因串联重复和染色体片段复制是玉米糖转运蛋白家族加倍和扩张的主要形式:SWEET家族有1对串联重复,5对片段复制;SUT家族没有串联重复,仅有3对片段复制;MST家族有8对串联重复,12对片段复制。并且复制事件在不同亚族中的数量差异较大,PMT亚家族有5对串联复制基因,3对片段复制基因,涉及14个基因;而在VGT、TMT、INT亚家族中无重复事件。4.玉米糖转运蛋白家族基因在植物环境适应下发生了不同的自然选择。通过Ka/Ks预测糖转运蛋白家族基因的进化速率和相对分歧时间发现,27对基因的Ka/Ks比值均小于1,基因受纯化选择,这时有害突变被自然选择清除,蛋白结构功能保持不变;只有STP、PMT、ERD亚家族分别有1个基因的Ka/Ks大于1为正向选择,蛋白质结构和功能可能会发生改变,进而会导致基因环境适应性发生变化,加速基因演化。5.顺式作用元件分析显示,玉米糖转运蛋白家族基因具有多种非生物胁迫以及植物激素响应作用元件。利用q PT-PCR检测并分析玉米糖转运蛋白基因在干旱、盐、镉胁迫以及外源ABA作用下的表达模式,发现大部分MST家族基因能够迅速响应。说明玉米糖转运蛋白家族基因在生物胁迫和非生物胁迫响应中具有重要作用。
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