“十二五”期间,教育事业受到国家及社会各界的广泛关注,随着教育事业的发展,财政也加大了对教育事业的资金支持。但是随着我国教育事业的发展,人均教育资金的投入明显不足。而其中阻碍我国教育事业发展的因素主要有两点,第一对教育事业资金的投入不足;第二相管教育资源利用率低。作为公共支出的一部分,国家审计机关有权而且应当对教育专项资金绩效进行审计并作出评价,以提高其支出效益。目前我国审计机关对高校专项资金的审计工作以项目支出的合规合法性为主,而对专项资金的绩效评价缺乏一套科学完整的方法,使得审计机关对专项资金绩效审计评价工作收效甚微。本文通过阅读政府绩效审计和绩效评价的理论研究相关文献,首先分析了当前我国教育资金绩效审计评价的现状,提出我国审计机关在对财政教育专项支出审计评价方面存在的问题,阐述完善高校专项资金绩效审计评价体系的必要性和意义。然后从绩效审计一般目标——经济性、效果性和效率性目标的分解开始分析,结合高校专项资金的投入产出的过程和特点,将高校专项资金绩效审计的目标细分为4个目标,按照绩效审计的目标确定审计的范围和内容,结合高校专项资金绩效审计评价指标的选取的原则,选取评价指标,确定评价方法,形成一个绩效审计评价体系。接着将本文研究的绩效审计评价体系应用到对C大学学科建设专项资金绩效审计评价中。最后对高校专项资金绩效审计评价中的问题进行了说明。