日本晴水稻（Nipponbare）成熟种子诱导获得的愈伤组织,转至MS液体培养基,培养获得水稻悬浮培养系。用亲合的白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pv.oryzae） JxoI接种水稻悬浮细胞进行互作,互作不同时间的水稻细胞,用液氮冷冻,研磨后热酚抽提,氯化锂沉淀提取总RNA,并进一步使用链霉素结合的oligo（dT）-磁珠法分离纯化mRNA,纯化的mRNA以oligo（dT）₂₁引物反转录出cDNA第一链,继而合成cDNA第二链。 得到的双链全长cDNA先后用限制性内切酶VspI（识别4个碱基位点）和TaqI（识别6个碱基位点）酶切,酶切后的cDNA片段带有两种粘性末端,分别连接上与之对应的两种接头,得到代表水稻细胞转录图谱且带有接头的cDNA片段池（pool）。使用与接头序列互补的寡核苷酸引物（oligo63/oligo43）对cDNA片段池进行PCR扩增,使cDNA片段池中不同丰度的基因片段都达到一定的浓度。对扩增后的cDNA池定量至1ng/ul,作选择性扩增的模板。本实验中共使用64对引物组合进行选择性扩增。其中与TaqI粘末端相对应的选择性引物用[γ-³²p]ATP进行末端标记。选择性扩增产物在含有7.5M尿素的5%的聚丙烯酰胺凝胶中电泳分离,电泳后的凝胶用X光片显示出不同处理水稻细胞的基因转录图谱。根据X光片所显示信息,对凝胶上差异扩增片段进行回收。64对选择性引物扩增中共得到384个有差异的扩增片段,其中321个受白叶枯病菌诱导后上调表达,余下的63个下调表达。 差异表达的基因片段回收后,对其中的100个片段作测序分析,测序结果在GenBank里在线分析,其中23个功能已知或有可能功能,41个功能未知。 根据测序结果,选择6个差异表达的基因用实时定量PCR（real-timequantitative PCR）验证。验证结果与cDNA-AFLP中所显示这6个基因表达变化情况相符合,表明cDNA-AFLP中回收的DNA差异表达片段的确代表水稻细胞