缙云黄芩(Scutellaria tsinyunensis C.Y.Wu et S.Chow.)隶属于唇形科(Labiatae)黄芩亚科(Scutellarioideae Briq.)黄芩属(Scutellaria Linn.),为多年生草本,缙云山特有种。缙云黄芩仅存的9个小居群呈片断化的“岛屿”状分布,且生境单一、居群面积及个体数量锐减、生存状况极度堪忧。最新评估结果显示,缙云黄芩濒危等级为极危(CR),因此对缙云黄芩进行保护迫在眉睫。国家林业局已将其列为重庆市8大极小种群物种之一进行保护,重庆市人民政府也在2015年将其列入重庆市重点保护野生植物名录进行保护。论文基于nrDNA ITS序列和cpDNA(psbA-trnH、trn L-F)序列,初步分析了缙云黄芩群体遗传多样性、遗传结构、缙云黄芩的系统地位以及与黄芩属其他物种间是否存在基因交流现象的发生,试图从分子角度揭示其濒危机制与进化方式,确定优先保护居群,进而提出更为科学全面地保护策略。研究结果如下:1基于ITS序列分析,缙云黄芩含有9种单倍型,单倍型网络图呈现辐射状,Hap1单倍型位于中心,为最原始的单倍型,揭示缙云黄芩是由少数个体或者居群扩张后形成的,在扩张过程中保留了原始单倍型。2缙云黄芩居群间遗传多样性(Pi=0.00275)均大于居群内遗传多样性。且在极小居群中发现遗传多样性为0的现象。缙云黄芩无性克隆为主的繁殖方式、生态地位、奠基者效应、瓶颈效应等均可能作用于这种现象的发生。对缙云黄芩进行中性检验,结果显示缙云黄芩居群的Tajima’s D值为-0.30113、Fu’s Fs值为-1.325,均为负值,且在p>0.10水平上不显著,表明缙云黄芩在进化的过程中遵循中性进化模式,在历史进化中经历过扩张现象。3 AMOVA分析显示,缙云黄芩居群间遗传变异为59.78%,而40.22%存在于居群内个体间,Fst=0.59777,说明缙云黄芩居群间存在较大地遗传分化,居群间变异是缙云黄芩变异的主要来源。缙云黄芩居群间总的基因流Nm=0.43,Nm<1,说明缙云黄芩居群间基因流较小,不能自由的进行基因交流,不足以抵挡遗传漂变作用,进而导致居群间遗传分化的增高。4根据遗传距离构建的UPGMA聚类结果显示不同缙云黄芩居群间个体相互交织在一起,没有构成明显地单独地理分布单元。DNAsp软件分析结果显示Nst>Gst,p>0.001,同样表明各居群间无谱系地理结构。5通过ITS序列构建NJ、ML系统发育树,缙云黄芩9种单倍型与柳叶红茎黄芩(S.yunnanensis Lévl.var.salicifolia Sun ex C H Hu)、岩藿香(S.franchetiana Lévl.)、韩信草(S.indica L.)、红茎黄芩(S.yunnanensis Lévl.)聚在一单系分枝上,支持率高达99%,揭示出较近的亲缘关系。同时,缙云黄芩与红茎黄芩遗传距离最小,呈现出最近的亲缘关系。黄芩属物种间rRNA二级结构能显示缙云黄芩rRNA二级结构能在供试的黄芩属间处于中间位置,结构相对稳定。6合并后的cpDNA(psbA-trnH、trn L-F)序列表明,缙云黄芩居群间序列无差异,7种黄芩属物种含有6种单倍型。岩藿香为单倍型Hap1,韩信草和红茎黄芩共同为单倍型Hap2,为最原始单倍型。柳叶红茎黄芩为单倍型Hap3,缙云黄芩为单倍型Hap4,但是这4种单倍型之间仅仅含有一个碱基位点的插入或缺失,3个碱基位点的替换。其余38个变异位点位于Hap5、Hap6之间,这说明缙云黄芩与这4种黄芩属物种亲缘关系比较近,暗示缙云黄芩与这4个物种之间可能存在基因交流现象。这也可能与叶绿体DNA独特地进化方式,受起源与古气候的影响较大有关。7合并后cpDNA(psbA-trnH、trnL-F)序列核苷酸多样性Pi=0.01462,说明黄芩属具有较高地遗传多样性,通过Tajima’s D检验合并后的片段Tajima’s D=0.57322,在p>0.10水平上不显著,表明黄芩属符合中性进化模型。