目前中国正处于城市化加速推进阶段，城市化过程中产生的环境问题以各种形式出现在我们面前，对这些问题的认识和解决的方法将直接关系到我国城市化的可持续发展，影响区域和谐社会的建立。 我国城市化过程中的水环境污染呈流域性蔓延的趋势，以往就水论水，见污治污的水环境保护方式是一种被动于社会经济发展的战略，显然已不适应我国新时期的需求。只有把环境保护融入发展中，建立主动引导发展的环境保护战略，才能真正实现发展与环境的协调一致。本文提出必须从流域的尺度分析水污染与区域社会经济发展相互作用的内在规律，从造成水污染的社会经济自变量到水环境受污染因变量之间，系统地寻求控制污染的途径，建立包括社会发展布局、经济增长模式、居民生活方式与工程控制措施等四个层面的水污染流域系统控制理论方法。在工程控制措施层面建立了包括点源控制、城镇(片区)污水控制、面源控制、河道生态修复与水资源(水量、水容量与水回用)优化配给等子系统组成的水污染流域控制工程体系。文章介绍了流域系统控制理论与工程体系在城市化典型区域深圳市龙岗区水污染防治中的应用。