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含有重复序列的样品在用ABI3730xl全自动测序仪测序时，容易发生测序信号终止、减弱或重叠峰的情况，导致测序失败。本课题对含有微卫星（短串联重复序列）的实验样品按其重复的特征分成单核苷酸微卫星、双核苷酸微卫星、三核苷酸微卫星以及多核苷酸微卫星四类，分别利用普通实验条件和优化的实验条件（改变测序PCR反应条件以及添加dGTP组份）进行测序，对测序结果比较研究。四组实验样品测序结果表明，将PCR反应退火时间增加至15s、延伸时间增至10s、反应循环圈数增至80cycles并添加dGTP组份的实验条件，对于含有复杂重复序列的样品测序效果最好，能够把普通实验条件测序不成功的样品测序成功。在本文所研究范围内的样品中，使测序结果的Quality值由57.8％提高到94.3％，效果十分理想，能够得到待测样品的核苷酸碱基序列。本课题对后人的测序工作有着重要的参考价值。