猪2型圆环病毒(Porcine circovirus type 2,PCV2)是一种环状单链无嚢膜的DNA病毒,属于圆环病毒科圆环病毒属,该病毒与猪群中多种疾病的发生相关,已给养猪业造成巨大损失,因此受到越来越多的重视。自2000年我国首次报道以后,该病在全国各地广泛流行,严重影响我国养猪业的发展,并在经济上给养猪业造成巨大的损失。本研究对2008年和2009年期间送往中国动物卫生与流行病学中心监测室的部分猪圆环病毒疑似病料进行了PCR检测,并对部分病料进行病毒分离及全基因组克隆和基因遗传变异分析,期望了解PCV2的流行状况,为PCV2相关疾病的控制和预防提供指示。试验结果如下:1.猪圆环病毒的分离鉴定将PCR检测鉴定为PCV2阳性的组织样品处理后接种到无PCV污染的PK-15细胞中传代,传4-6代后用PCR进行鉴定,结果扩增出了预期长度的PCV2的DNA片段,这表明分离出的病毒是PCV2型。运用上述方法,成功分离到我国部分地区共17株PCV2,分别命名为SC-10株(四川)、SD株(山东)、ZJ-38株(浙江)、HUN株(湖南)、HUN-2株(湖南)、HUN-11株(湖南)、HUB-5株(湖北)、FJ-3株(福建)、FJ-4株(福建)、JX-1株(江西)、JX-2株(江西)、HLJ-7株(黑龙江)、HLJ-10株(黑龙江)、LN-3株(辽宁)、LN-19株(辽宁)、YN-8株(云南)和SX-1株(陕西)。2.猪圆环病毒全基因组测定与序列分析根据GenBank中登录的猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus,PCV2)全基因组序列,设计合成一对PCV2特异性引物,用PCR方法来扩增PCV2全基因组。本研究运用PCR方法,对本实验室分离到的我国四川、山东、浙江、湖南、湖北、福建、江西、黑龙江、辽宁、云南、陕西17株猪圆环病毒II型(PCV2 )进行全基因组的扩增,然后将扩增的全基因片段插入到pGEM-T easy载体中,经酶切和测序鉴定,得到大小为1767bp的与预期长度一致的目的基因片段,证明对PCV2全基因克隆成功。应用CLUSTAL和DNAstar等分析软件,对GenBank上已登录我国的17株PCV1和93株PCV2的全基因序列进行了核苷酸同源性比对。结果发现:PCV1间的核苷酸同源性为99.1%-100%;PCV2间的核苷酸同源性在94.7%-100%;PCV1与PCV2基因组间的核苷酸同源性为76.1%-78%。PCV1和PCV2在进化关系上明显分为两枝。统计结果表明,尽管过去数年,可是PCV2序列同源性并没有发生太大的改变,可见PCV2相当保守。对所测定的17株PCV2序列和国内已发表的部分PCV2序列用软件对其主要两个阅读框ORF1和ORF2的核苷酸及其推导来的氨基酸序列进行比对分析。结果显示,分离株ORF1之间的核苷酸及氨基酸的同源性分别为96.4%-100%和97.5%-100%,说明ORF1非常保守。分离株ORF2之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为92.6%-100%和91.1%-100%,变异相对于ORF1较大,通过比较还发现ORF2氨基酸变异主要发生在(53-90,121-134,190-215位氨基酸)三个区域,而其中前两段氨基酸残基(53-90,121-134位氨基酸)对应于该病毒的两个重要的抗原表位(65-87和113-139),推测这些变异可能对PCV2抗原性及致病性的产生改变。