甜瓜（Cucumis melo L.）,属葫芦科甜瓜属（2n=2x=24）,是一年生的蔓性草本植物,我国甜瓜的播种面积居世界第一。薄皮甜瓜是中国特色品种,因为具有较好的经济效益,种植的面积逐年增长。本试验以薄皮甜瓜（Cucumis melo L.var.chinensis Pangalo）材料IM16559（P₁,无斑）、IM16553（P₂,有斑）及其配制的F₁（正交）、F’₁（反交）、F₂群体、BC₁P₁群体和BC₁P₂群体为材料,将六世代群体田间调查结果和F₂群体有斑、无斑DNA混池测序结果相结合,得到薄皮甜瓜果皮花斑基因的初步候选区间。又扩大群体,通过重组单株的筛选和分子标记的加密进一步缩小区间,挖掘与基因连锁的分子标记并进行候选区间的分析。本试验的研究结果如下:1.薄皮甜瓜果皮花斑的遗传分析田间调查发现,P₂、F₁（正交）、F’₁（反交）、BC₁P₂群体均有斑,P₁均无斑。SAS软件统计分析得F₂群体有斑单株、无斑单株的数目比符合3:1的分离比,同时BC₁P₁群体的有斑单株、无斑单株的数目比符合1:1的分离比,因而认为本试验中薄皮甜瓜果皮花斑性状是由单基因控制的质量性状,有斑对无斑为显性,该基因被命名为CmSp-1。2.CmSp-1基因的精细定位通过混池测序获得了CmSp-1基因的2个候选区间,分别位于2号染色体末端22,160,000-22,180,000 bp和22,260,000-26,180,000 bp,总长度为3.94 Mb。根据混池测序的数据分析结果在初定位区间内设计InDel标记引物,利用BSA法筛选出22对引物用于定位。挑选其中多态性好的13对引物,最终将CmSp-1基因定位到I734-2和I757之间,两标记距基因的遗传距离分别为1.8 cM和0.4 cM,区间的物理距离为280.87 kb。距离基因最近的标记为I757,该标记在107份与试验亲本无血缘关系的材料中对果皮花斑性状验证的正确率为84.11%。3.候选区间内基因的分析根据甜瓜基因组（v3.5.1版本）注释信息,发现候选区间内共有基因31个。通过对混池测序结果的分析寻找有斑混池与无斑混池、有斑亲本与无斑亲本在定位区间内共有的的InDel和SNP位点及非同义突变基因。考虑到本试验中的有斑亲本表现出深绿色斑点性状,推测相关控制基因可能与叶绿素、叶绿体有关。根据以上原因,在该区间内预测了4个候选基因:MELO3C017086、MELO3C017096、MELO3C026287和MELO3C026292。