碱基特异性引物结合探针熔解曲线技术检测EGFR基因29种突变

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肺癌的发病率和死亡率一直位居各类肿瘤之首,而非小细胞肺癌约占肺癌总数的85%。吉非替尼和埃罗替尼是近年来开发的两种特异性较高的治疗非小细胞肺癌的靶向治疗药物,它们都属于表面生长因子受体(EGFR)——酪氨酸激酶抑制剂(TKI)类药物。然而,临床实践显示这两种药物的疗效存在很大的个体差异,仅对10%~30%的非小细胞肺癌患者有较好的疗效。研究发现,EGFR基因酪氨酸激酶区域存在着多种突变,这些突变会对EGFR-TKI类药物的疗效有显著影响。   肿瘤体细胞突变存在于大量的野生型背景之中,对检测技术的要求较高。本论文以实时荧光PCR为平台,使用碱基特异性引物结合探针熔解曲线分析的方法建立了检测29种EGFR突变的五管双色体系。该体系通过碱基特异性引物选择性地扩增突变模板,使用特异荧光探针抑制野生型的扩增,并利用熔解曲线熔解峰的Tm值对突变进行区分。   为防止扩增产物污染,我们在体系中加入了dUTP和UNG酶。建立好的UNG/dUTP防污染体系可将含有dUTP模板的浓度降低10~100倍。检测体系可耐受200ng的野生型细胞系基因组,可检出低至30拷贝(0.1ng)的突变模板,且可检出100ngDNA样品中含量低至0.5%的突变。   我们利用建立的体系对临床标本进行了检测:其中正常人血液和绒毛膜标本40份,结果全部为阴性,无非特异出现;2011~2012年FFPE肺癌标本100份,检出阳性标本27份,与测序结果对比一致性较好,Kappa值为0.974,p<0.05;中山医院检测2012年FFPE肺癌标本10份,与罗氏公司的cobas(@)EGFR突变检测试剂盒对比,结果完全一致。   本文所建立的EGFR检测体系具有高特异性、灵敏度和选择性,有望成为非小细胞肺癌个体化治疗中的患者筛查工具。
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