上世纪90年代,为了加入WTO,履行国际条约义务的承诺,我国陆续颁布实施了植物新品种保护条例和种子法,加入植物新品种国际保护公约(UPOV),建立了较为全面的植物新品种保护制度,正式拉开了我国种业市场化改革的序幕。这种强制性制度变迁的效果如何,种业科技创新的体制机制性障碍是否被破除,西方发达国家主导的植物新品种保护制度的全球化进程我们是否适应,激励育种创新以提高育种创新能力的政策目标是否实现。面对国内外各种新形势和新问题,探讨影响我国种业科技创新与发展的这些深层次问题,科学评价我国农作物种业育种创新的效率水平,借鉴他国品种权公共政策实践的成功经验,总结我们自身运用制度方面的成功与不足,这对于进一步完善这一制度,优化配置相对有限的育种资源,提高育种创新效率都具有十分重要的理论与现实意义。本文在梳理相关理论和国内外文献的基础上,综合运用文献分析、比较分析、定性分析、定量分析等方法,首先考察了我国农作物育种创新的历史、现状及存在的问题；其次分析了我国种业创新面临的国内外环境及其变化；接下来结合所搜集的数据资料,构建我国农作物育种创新的效率评价指标体系,运用数据包络分析的Malmquist指数分析法等数理经济学和应用统计学工具,实证分析了我国农作物育种创新效率；最后针对农作物育种创新的特殊性和我国农作物育种创新现状及制度发展中存在的主要问题,在借鉴典型国家农作物育种创新的实践经验的基础上,提出了构建未来我国政府主导下的多方协作农作物育种创新模式的总体思路、机制构建以及政策体系的完善。本研究的主要结论有：1.上世纪90年代我国为加入WTO,履行国际条约义务而建立的植物新品种保护制度,总体上属于强制性制度变迁；这种强制性制度变迁不断将我国种业市场化改革引向深入,虽取得诸多成就,但育种创新的体制机制仍未理顺,基础性育种与商业育种职能混为一谈,导致育种创新存在诸多问题。一方面是对基础性育种的社会公益性和公共物品特性认识和重视不够,导致基础研究贫乏,消弱了育种创新的水平和持续发展的后劲；另一方面是以企业为主导的商业化育种体系仍未建立,企业育种积极性不高。2.当前我国农作物育种创新面临着国内外环境的发展变化。在国内,种业市场化改革不断深入,种业发展被提升为国家战略；在国际上,后TRIPS时期,西方发达国家主导了植物新品种保护制度的全球化进程,不断推高植物新品种国际保护水平。发达国家与发展中国家之间甚至发达国家之间基于各自不同的利益诉求,采取了不同的政策措施,控制与反控制,相互博弈,使得品种权国际立法日趋复杂。3.2008-2012年,我国农作物育种创新效率处于适度增长的态势,年均增长率为1.9%,但从不同时期来看,我国农作物育种创新效率呈现明显的波动特征。从农作物育种创新效率的Malmquist指数分解来看,我国农作物育种创新效率的增长主要是由技术进步引起的,而不是得益于农作物育种技术效率的改善,在2008-2012年间,我国农作物育种的技术进步年均增长率为7.1%,而农作物育种的技术效率为-4.7%；从我国农作物育种区域创新效率的分解来看,在育种创新效率的增长速度上,东、中、西部三大地区育种创新效率均实现了增长,但是存在着显著的区域差异。可能的创新点：(1)研究视角的创新。以育种创新效率为研究视角来考察我国植物新品种保护制度的整体运行状况,总结成功与不足,以期为这一制度的完善提供参考；(2)研究内容的创新。站在发展中农业大国的立场,对后TRIPS时代国际植物新品种保护制度发展的新动向进行考察,对典型国家育种创新的成功实践进行分析,为我国种业育种创新提供借鉴；(3)研究方法的创新。运用R&D效率评价模型——数据包络分析法,使用效率评价DEA P2.1软件对我国农作物种业育种创新的投入产出效率进行了实证分析。