20世纪90年代以来，出现了一种新型的公共治理模式——协商治理，这是协商民主的一种重要治理形式，也是一种新型的参与式治理。由于其理论与实践来源于协商民主，协商治理不仅具有协商民主的协商与对话精神，而且还强调民主的真实性与政策的有效性。在公共事务管理中，公民经特定的协商程序，通过自由平等的对话、讨论、辩论等参与公共政策过程的政策制定。协商治理追求公民的理性参与，这是其理论基础。此外，协商治理是以基本民主价值为取向的，是一种公民参与的“对话式治理”。由于历史、现实等因素，长江南京段沿岸遗留了一些时间跨度长、社会矛盾大、影响范围广的占用问题，称为“历史占用”。在原有的管理模式下，历史占用问题的治理面临着水利部门执法困难、地方政府应对消极、当事人抵触情绪强烈等困境，令管理部门头疼不己。协商治理的出现，为治理长江南京段乃至长江沿线历史占用问题提供了新思路。本文正是以协商治理理论为分析工具，以长江南京段历史占用治理为研究对象，结合国内外对历史占用治理的研究现状，从协商治理的八个基本要素着手，分析长江南京段历史占用治理面临的诸多困境以及造成困境的具体原因，并试图以此为突破口探索解除长江南京段历史占用治理困境的对策。