《基本法》框架下，香港特区拥有了包括终审权在内的独立司法权。香港特区司法权的“独立”包括了两层含义：一方面，香港的司法权独立于香港特区的立法权和行政权；另一方面，香港的司法权独立于中央国家的司法权，由香港法院行使涉及除国家行为之外其它所有案件的管辖权。中央和香港之间有各自的司法管辖范围，中央仅能通过修改《基本法》、解释《基本法》对香港司法权进行调控。在现实中，任何一方不履行应尽的义务、不适当地扩大了自身的权力都容易引发冲突。产生这种冲突的根本的原因是《基本法》中对中央与特区的司法关系缺乏对应性的设计，当然还包括香港与内地两地间不同的法律制度、法律观念，以及两地不同的政治、经济和社会、文化背景等多方面原因。为保障“港人治港、高度自治”原则的落实，中央不适宜采取强硬的措施来解决这一冲突，应通过完善《基本法》的解释机制、强化基本法委员会的协调作用、逐渐改变香港特区法官的任免要求等方式逐步理顺和改善中央与香港的司法关系。