蛋白质组学是在蛋白质的水平上大规模地研究基因产物表达，其能够直接地研究蛋白质的表达水平和相关蛋白的活性状态。经典蛋白质组学研究技术采用双向电泳和质谱方法结合生物信息学进行。　　 家蚕后部丝腺是合成和分泌蚕丝蛋白的一个非常重要的器官。五龄期间其无论在形态上还是在功能上都发生了显著变化。本研究采用双向电泳法比较分析P50 蚕品种四眠、五龄第一天、第三天、第五天、第七天及熟蚕后部丝腺蛋白质和磷酸化蛋白质表达变化。用Imagemaster6.0 分析图谱，共分析出224个差异表达的蛋白质，其中四眠蚕有29个，五龄一、三、五、七天蚕和熟蚕分别有69、47、28、31和49个差异点。其中共有73个蛋白斑点被MALDI-TOF 成功鉴定。从五龄第七天到熟蚕阶段特异蛋白点达到第二个高峰，蛋白检测结果表明这与丝腺细胞的凋亡有关。　　 蛋白质磷酸化是蛋白质的一种非常重要的翻译后修饰现象。采用双向电泳和Pro-Q Diamond staining染色研究家蚕后部丝腺发育过程中磷酸化蛋白质的变化情况。对60个磷酸化蛋白质进行质谱分析，成功鉴定其中30个，并发现磷酸化蛋白质主要集中在pH4-7的区域。从图谱不难看出磷酸化蛋白点的变化情况：四眠和五龄第一天有些差异点，其余时期大体没变化，表明后部丝腺的变化与蛋白质磷酸化修饰关系不大。　　 据家蚕受BmNPV侵染后中肠蛋白质组的变化情况，探讨抗BmNPV病毒基因。对秋丰、白玉等9个不同系统的家蚕品种进行BmNPV抗性比较试验，筛选获得BmNPV感染发病率相差72个百分点的抗性品种P50和感性品种306。后对P50和306经口接种BmNPV，采用蛋白质双向电泳分析比较了两品种的五龄第一1天与第四4天中肠组织的蛋白质图谱，结果发现2个品种第一天各有10个特异蛋白斑点；第四天，306品种发现33个特异蛋白斑点，P50品种仅发现14个特异蛋白斑点。