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猪主要组织相容性复合物（Major Histocompatibility Complex ,简称MHC）,又称为SLA（ Swine Lymphocyte Antigen）,即猪白细胞抗原。SLA与猪生产、繁殖性状以及抗病性能等相关,作为一种辅助选择标记,在猪的遗传育种上的应用已越来越受到人们的重视。SLA位于猪的第7号染色体。猪的MHC由Ⅰ类、Ⅲ类和Ⅱ类3个基因簇或区域组成,SLAⅠ类基因和SLAⅢ类基因位于7号染色体的短臂上,SLAⅡ类基因则位于染色体长臂上。Ⅱ类基因主要包括DRA、DRB、DQA、DQB、DOB、DPA、TAP和LMP等亚区。本研究从藏猪MHC-DQB1基因多态性出发,为藏猪MHC-DQB1的遗传多态性的相关研究提供理论依据和技术贮备。根据GenBank家猪SLA-DQB1基因的全序列（登陆号NC010449.1）设计8对引物,对三个品种共90头猪进行测序分析,寻找SNPs。在P1、P2、P3、P8引物中共发现了13个SNPs。Intron4-1169位藏猪序列由T→G的突变;Intron4- 1159位藏猪序列由G→C的突变;Intron4- 1146位藏猪序列由C→G的突变;Intron4-1084位藏猪序列由A→C的突变;Intron4-1000位藏猪序列由C→G的突变;Intron4- 999位藏猪序列由A→G的突变。Intron3-417位藏猪序列由G→T的突变。Intron2- 3348位藏猪序列由G→A的突变;Intron2-3379位藏猪序列由C→G的突变。Exon1-104位长白猪和杜洛克有缺失现象,藏猪有插入现象。Intron1-300位藏猪序列由G→A的突变。Intron1-329位、Intron1-369位藏猪序列由G→A的突变。通过网站:http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html上的TFSEARCH （ver 1.3）软件对13个突变点前后的转录调控因子进行了预测,Intron4-1169,Intron4-1169位碱基发生的T→G, G→C的突变后减少了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子AML-1a（较高预测分值85.4）. Intron4- 1146位碱基发生的C→G的突变后增加了两个可以预测到的调控元件结合位点,分别为转录因子MZF1（较高预测分值88.7）和转录因子NF-kap（较高预测分值85.2）。Intron4-1084位碱基发生的A→C的突变,减少了两个可以预测到的调控元件结合位点,分别为转录因子GATA-1（较高预测分值89.0）和转录因子GATA-2（较高预测分值85.8）。Intron4-1000, Intron4-999位碱基发生的由C→G,由A→G的突变,增加了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子MZF1（较高预测分值94.8）,减少了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子Sp1（较高预测分值87.7）。Intron3-417位碱基处发生的G→T的突变和第二内含子3348位碱基处发生的G→A的突变未导致任何潜在调控元件和蛋白结合位点的改变。Intron2-3379位碱基发生的由C→G的突变,减少了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子CDP CR（较高预测分值87.7）。Exon1-104位长白猪和杜洛克有插入现象,藏猪有缺失现象。Intron1-300位碱基发生的由G→A的突变,增加了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子STATx（较高预测分值86.5）,减少了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子IK-2（较高预测分值86）。Intron1-329 G→A的突变,增加了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子STATx（较高预测分值86.5）,减少了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子IK-2（较高预测分值86）。Intron1-369位碱基发生的由G→A的突变,增加了三个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子IK-2（较高预测分值88.6）,转录因子C/EBPb（较高预测分值88.1）,转录因子Lyf-1（较高预测分值85.7）;减少了一个可以预测到的调控元件结合位点,为转录因子MZF1（较高预测分值91.3）。用内切酶Dde I分析SLA-DQB1 Intron3-417位碱基突变位点,藏猪群体内出现AA、AB和BB 3种基因型,其中AB基因型频率最高,为56.00%;BB基因型频率最低,为18%;等位基因A和B频率分别为54%和46%。卡方分析结果显示,藏猪群体内SLA-DQB1 Intron3-417位碱基Dde I酶切基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。长白猪和杜洛克仅有BB基因型。本研究初步发现了藏猪MHC-DQB1上具有遗传多态性,为藏猪MHC-DQB1的遗传多态性的相关研究提供了一定的依据,同时藏猪是具有抗病性强的优良品种,MHC可作为动物抗病能力的遗传标记,在辅助抗病性选择方面发挥作用。藏猪MHC-DQB1上的突变位点是不是其抗病性强的决定因素,将有待进一步的研究。