石耳科（Umbilicariaceae）地衣是真菌界（Kingdom fungi）、双核菌亚界（Dikarya）、子囊菌门（Ascomycota）、茶渍纲（Lecanoromycetes）、石耳目（Umbilicariales）-个独特的类群，其生长类型为脐叶型地衣，可能与真菌进化连锁上的某缺失环节有关。此外，石耳科地衣在人类活动中，尤其是在免疫调节方面具有很大潜力。　　 本论文的研究主要是通过核糖体核酸基因大亚基（LSU rDNA）全序列的比对分析，探求真菌界、子囊菌门、茶渍菌纲、石耳目、石耳科等各类群的特有基因序列，为真菌有关类群的共同起源提供分子证据；通过多基因综合分析所形成的系统树，探求石耳科在真菌进化中的地位。　　 本论文通过石耳科16种地衣体共测得它们的核糖体RNA基因大亚基（LSU rDNA）全序列（见附表4-1），其中石耳属（Umbilicaria）15种，疱脐衣属（Lasallia）1种，以及盾叶科（Rhizoplacopsidaceae）的一个种蔚青盾衣（Rhizoplacopsis weichingii J.C.Wei& Q.M. Zhou），通过地衣共生菌测得非石耳科地衣LSU rDNA全序列的为13个种（见表3-2），总共测得30种地衣型真菌核糖体RNA基因大亚基全序列。　　 通过对真菌界以及动物界和植物界共计34种生物的LSU rDNA全序列的比对分析，从C3、C5、C7、C9和C11五个保守区中鉴定出8条高度保守的核苷酸序列，其中4条为真菌界所共有，1条为子囊菌门所共有，1条为担子菌门所共有，2条为接合菌共有。这些数据为达尔文进化论的共同祖先学说提供了分子证据。虽然通过LSUrDNA及ITS区（包括ITS1、5.8S、ITS2）均不能找到石耳目及石耳科地衣的特有序列。但随着基因组序列的不断增多可能会为解决上述问题提供一条新的途径。　　 通过SSU+ITS区基因全序列的联合、LSU rDNA全序列基因以及蛋白质RPB1+RPB2氨基酸序列的联合，综合分析了石耳科地衣在子囊菌门中的系统地位，结果表明：由石耳属及疱脐衣属组成的石耳科系一单系类群，与茶渍目不属于同一单系，因而支持石耳目的建立。此外，分子数据也支持单型的盾叶科与石耳目形成同一单系类群。至于石耳科内的疱脐衣属与石耳属内的系统关系有待进一步的分析和研究。