随着农村改革的进一步推进,市场经济的逐步发展,我国农业发展进入崭新的时期,一种新形式的农村互助合作经济组织—农民专业合作社日益成熟起来。它有着与众不同的特点,主要凸显在组织上、所有制结构上、收益分配上和管理机制上。它形成的基础是家庭联产承包责任制,通过供给农产品的制造和加工、传输、保存、出售和有关生产运营的技术和产品信息等服务来实现以成员互帮互助为目标的经济组织,它从成立开始就具有经济利益的互助性,拥有相对稳定的组织结构,明确成员拥有的权利并应承担的义务。农民专业合作社是现代农业发展的必然结果,它的积极作用体现在有利于提高农民的生产组织水平,促进农业发展和农民增收;有利于提高农业机械化水平、培养现代农民、提高农民整体素质;有利于深化农业改革,更好的解决农业投入的市场化机制、土地规模化经营、集体经济科学化管理、农村基层组织规范化建设等诸多问题。基于它所具有的积极作用,国家在2006年出台了《农民专业合作社法》以规范农民专业合作社的发展。在政策的指引和鼓励下,全国农民专业合作社的发展呈现出越来越好的状态,合作社的数量和参与其中的农民数量都有了成倍的增加,运营范畴和产业分布越来越广。良好的发展前景下,我们也看出合作社在可持续发展上存在着很多不足,而促进农民专业合作社的可持续发展重要途径之一是理顺财务关系,将合作社的生产财务状况和经营活动情况准确的计量、记录并反映出来。其中,财务会计制度如果能够得到良好的使用,对于合作社的继续发展壮大会带来非常积极的影响。2008年国家发布了《农民专业合作社财务会计制度(运行)》,更是为促进农民专业合作社的财务工作规范化提供了指导标准,但是由于主客观因素的共同影响,财务会计制度的运用并不理想,所以有必要对合作社的财务会计制度运用现状进行系统的研究。本文在开篇主要阐述研究背景和研究内容,根据研究背景及意义的阐述,确定研究内容涉及会计基础工作、内部控制制度和会计核算工作三个方面。同时根据概念界定和理论分析,借助规范研究方法和实证研究方法相结合,从研究内容的三个方面对霍邱县农民专业合作社财务会计制度运用现状进行分析,指出存在问题并分析原因,借助的是SH农民专业合作社的案例分析。在对国内外农民专业合作社财务会计制度运用现状进行介绍的基础上汲取经验,就完善霍邱县农民专业合作社以及SH合作社的财务会计制度运用提出建议。本文最后在研究结论和对未来的设想的部分,主要是提出了调整和优化财会制度在合作社中使用的方案和策略,对本论文的不足之处进行了阐述,并对今后的研究工作展开了设想。