随机扩增多态性技术联合荧光定量PCR检测结核分枝杆菌方法的建立与评估

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背景:结核病(Tuberculosis,TB)是由结核分枝杆菌引起的一种慢性呼吸道传染病,严重危害人类的健康,曾夺去了数亿人的生命。近年来,随着人口流动的增加,HIV感染的流行,多耐药位点的出现,结核病的流行又出现回升。因此,早期、快速、准确地诊断结核分枝杆菌的感染对于疾病的治疗和控制传播具有重要的意义。传统的涂片染色镜检敏感性较低,培养法耗时较长,操作繁琐。免疫学检测受到受试者免疫状态的影响,容易出现假阳性和假阴性。分子生物学检测方法如荧光定量PCR、巢式PCR、环介导的等温扩增技术及Xpert MTB/RIF技术大大提高了结核病的诊断效率,但是对于涂片阴性的结核病、肺外结核、小儿结核以及和HIV共感染的结核病,诊断的敏感性不够理想。目的:鉴于实验室诊断结核性疾病的局限性,本研究设计一种更简便、快速,灵敏性更高、特异性更强的方法用于辅助诊断结核性疾病。方法:以结核分枝杆菌标准菌株H37Rv为模板,根据国内外文献设计随机引物,进行RAPD,产物进行琼脂糖凝胶电泳,选取条带进行割胶纯化测序,在NCBI上进行BLAST同源性检索,结果和结核分枝杆菌匹配率都达到99%。设计特异性内引物和探针,以RAPD产物为模板进行荧光定量PCR,并优化反应条件。分别以10倍倍比梯度稀释的H37Rv和其他阴性对照菌为模板,进行qPCR和RAPD-qPCR,分析其灵敏性和特异性,建立了 RAPD-qPCR的方法来检测结核分枝杆菌。进一步优化反应条件,采集150个结核性临床标本和26个非结核性临床标本(包括痰液、支气管肺泡灌洗液、胸水),分别用结核分枝杆菌核酸检测试剂盒(PCR-荧光法)和RAPD-qPCR方法检测,评估两种方法检出率的差别。结果:qPCR能够检测到30 pg/μl的结核分枝杆菌,而RAPD-qPCR灵敏性提高到3 fg/μl。而且RAPD-qPCR检测30 pg/μl至30 fg/μl的结核分枝杆菌核酸时,扩增得到的Ct值都较小,为(6.58±0.19)~(14.95±0.36),结果稳定,易于判断。qPCR和RAPD-qPCR检测其他临床常见的细菌均呈现阴性,特异性达到了100%。RAPD-qPCR对150个结核性标本检出率达到27.33%,结核分枝杆菌核酸检测试剂盒(PCR-荧光法)检出率为22.67%,差异具有统计学意义。两种方法检测26个非结核性临床标本结果均呈现阴性,两种方法特异性都达到100%。结论:该方法对于临床结核分枝杆菌感染具有较高的检出率,优于传统的结核分枝杆菌核酸检测试剂盒(PCR-荧光法),特异性也达到100%,能够用于临床结核分枝杆菌感染的分子生物学检测。
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