呼吸道感染（Respiratory tract infections,RTI）是医院最常见的高度传染性疾病,还常伴有流感及流感样疾病的发生。逐年上升的发病率和死亡率使呼吸道感染成为了全球性问题。呼吸道最初被认为是无菌的,但是随着研究的发现,呼吸道中存在大量定植的共生微生物,且对人体健康有很大影响。人类处于正常生理状态时,呼吸道中的共生菌相互制约使其维持在某个相对平衡的状态。对于新生儿,这种稳态受生产方式、喂养类型、抗生素等的影响,但是一旦这种平衡被破坏,就会引起呼吸道微生物的紊乱,进而诱发呼吸道感染等相关疾病。目前,临床上针对呼吸道感染最常用的手段就是使用抗生素治疗。而由于抗生素的长时间、不合理使用及滥用,导致一系列耐药菌的产生,使感染大大增加了临床治疗和社会经济的负担。使用合适的抗生素对于治疗感染是非常重要的步骤,能够减少耐药甚至死亡的发生。因此对于呼吸道感染尤其是耐药菌感染,抗生素的选择和用量就显得尤为重要了。本课题旨在研究呼吸道感染患者下呼吸道微生物群落结构以及感染患者与非呼吸道感染人群下呼吸道中微生物的组成比较规律;从中分离培养病原菌,并挑选部分分离得到的葡萄球菌以探究其耐药性,明确耐药性分布。并对其进行耐药基因的检测,利用共培养的手段探究耐药基因的转移。本研究的主要内容及实验结果如下:本实验选取21名新生儿,包括19名呼吸道感染新生儿患者和2名非呼吸道感染新生儿,对其粪便及气管分泌物进行采集,基于α多样性及β-多样性分析其中微生物群落结构组成。本实验检测到在门的水平上以Proteobacteria、Firmicutes和Actinobacteria门为优势门。而在属的水平上看,各患者之间细菌属的分布差异较大。在所有粪便样本中,患病新生儿粪便样品显示主要属为Enterococcus和Achromobacter,其次是Lactobacillus和Pantoea;在所有气管分泌物样品中主要属为Achromobacter和Streptococcus,其次是为Pseudomonas、Rothia和Staphylococcus。通过分离培养,在下呼吸道感染患者样品中分离培养得到116株分离株,其中包括53株Staphylococcus epidermidis、1株Staphylococcus aureus、4株Staphylococcus cohnii、9株Staphylococcus hominis、14株Staphylococcus haemolyticus、1株Staphylococcus caprae、1株Staphylococcus warneri/pasteuri、2株Streptococcus thermophilus和15株Streptococcus salivarius和3株Moraxella osloensis、10株Lactobacillus plantarum、2株Micrococcus yunnanensis和1株Micrococcus luteus。利用K-B药敏纸片扩散法对挑选出的83株葡萄球菌分离株耐药性进行检测。结果显示83株葡萄球菌分离株对青霉素的耐药率最高,为84.34%;其次是对红霉素的耐药率,为57.83%;其它耐药率分别为:苯唑西林（8.43%）,环丙沙星（13.00%）,万古霉素（4.82%）,氧氟沙星（14.46%）,氯霉素（43.37%）,卡那霉（38.85%）素,盐酸克林霉素（14.46%）,头孢唑林（16.87%）,利福平（8.43%）。挑选出77株葡萄球菌分离株进行耐药基因检测,检测结果显示grl A耐药基因阳性检出率是最高的,其检出率为51.95%;其次是acc（6’）/aph（2’’）基因,其阳性检出率为（31.17%）。其它耐药基因阳性检出率由高到低依次为:gyr A阳性检出率,为27.27%、mec A基因阳性率为（23.88%）、nor A基因阳性率为（16.88%）、erm C基因阳性率为（16.88%）。fem A（9.09%）,erm A（7.79%）。但在这些分离株中并未检测出Van A和Van B基因。本实验还利用共培养的方法探究耐药基因的转移情况,结果显示表皮葡萄球菌可以通过共培养的方式将耐药基因水平转移到同属葡萄球菌如科氏葡萄球菌细胞内,还可以水平转移至不同属如植物乳杆菌细胞内。