近年来，发现一类新的长约21-25nt的非编码内源性小分子RNA--microRNA(简称miRNA)。miRNA的一个特点是它的前体形成茎环结构，成熟体在茎环结构的一侧上，成熟体序列内不能包含大的内环和突环，特别是不能包含大的不对称环。miRNA通过与靶基因mRNA的特定位点互补配对达到对靶基因的降解或翻译抑制，从而参与基因的表达调控。miRNA通常位于基因间隔区(intergenic region)，也有一部分来源于编码区的内含子。一些miRNA的基因结构和功能在进化中呈现高度的保守性，但是病毒miRNA和其他一些真核生物的miRNA并不具有这种特点。 由于miRNA对生命体具有非常重要的调控功能，而且近年来发现，miRNA与人类疾病的发生有着密切的联系，因此寻找新的miRNA是生命科学领域的一大热点。04年以来，病毒miRNA又成为研究的重点。寻找miRNA基因的方法有实验方法和生物信息学方法，两种方法结合使用，才能准确地找到miRNA基因。到目前为止，miRBase上公布的miRNA已有5395种，其中病毒的miRNA有130种。然而不同生物中的仍有大量的miRNA基因尚待鉴定，生物信息学分析手段为发现新的miRNA基因提供了有效的方法。从2003年出现第一个miRNA的预测工具MiRscan后，出现了很多计算预测miRNA的方法，根据其本质可以分为五类：同源片段搜索方法、基于比较基因组学的预测方法、基于序列和结构特征打分的预测方法、结合作用靶标的预测方法和机器学习方法。 由于不同病毒的miRNA之间序列相似性极低，不同物种miRNA的特点又不尽相同，针对这一问题，我们开发了一个预测与探寻miRNA基因的计算机软件MiRfilter。MiRfilter是由C＃语言编码，文章详细地介绍了它的设计流程，重点讲述了实现预测的三个重要算法：发夹结构判断算法、筛选成熟体算法和CDS字段搜索算法。并详尽地讲解了它的使用方法。我们用两种病毒的miRNA检测软件的精度，结果标明MiRfilter精度较高，假阳性控制较好。