福建自贸区无论是从经济制度的改革,还是人才管理等方面的新举措都体现着与台胞“共同管理、共同规划”的战略,两区无论是在经济还是在人员往来方面都在不断的融合。在两区关系越来越密切的新形势下,设立福建自贸区,在区内构建新的台籍员工劳动争议处理制度,对进一步吸引台籍人士来区内工作,实现福建自贸区的对台战略构想,实现国家的和平统一具有重大的意义。目前在自贸区外处理台籍员工劳动争议主要是适用福建自贸区的劳动法律法规来处理。但福建自贸区与台湾地区的劳动法律实体权利在劳动报酬、劳动合同和劳动保护方面存在着很大的不同,这必然使台籍员工对劳动法律关系各方面的理解与福建自贸区方面有所不同,导致劳动争议发生的概率大大提升。台湾地区将劳动争议分为两种类型,处理争议的程序也不同。在运作模式上,福建自贸区实行的是仲裁前置,仲裁裁决没有最终的效力,一方当事人如果不服可以向法院提起诉讼,再按普通的民事诉讼程序实行两审终审制。而且两区在劳动争议的调解、仲裁、诉讼的具体流程以及程序效力等方面都存在着很大的不同,如果机械的适用福建自贸区的劳动法律制度来解决自贸区内台籍员工的劳动争议,必然不利于对人才的引进,进而影响区内企业的生产经营,甚至影响到整个福建自贸区战略的实现。因此,笔者通过认真分析福建自贸区内台籍员工劳动关系的特点,比较两区劳动法律制度在实体和程序方面的差异,以及目前福建自贸区处理台籍员工劳动争议制度存在的问题,阐述在自贸区构建新的台籍员工劳动争议处理制度的必要性,分析两区区际劳动法律冲突的理论基础,提出解决福建自贸区内区际劳动法律冲突的理论依据和现实途径,结合两区劳动争议处理制度的特点,构建福建自贸区台籍员工劳动争议处理制度,建议坚持有利原则,适当借鉴台湾地区劳动法律制度,将台籍员工劳动争议区分为调整事项和权利事项,设立独立劳动争议调解委员会强制调解;仲裁专业化,实行两裁终局;设立专门的劳动争议审判法庭,实行主审法官的专业化制度,从而切实的保障福建自贸区内台籍员工的权益。