我国是世界上进行海洋贝类人工育苗规模最大、数量最多的国家。大量采捕天然苗种并异地移养、无序引种等对我国贝类资源己产生较大的负面影响。随着市场对海产贝类需求量不断扩大，良种缺乏日益凸显。遗传育种与海洋贝类养殖产业的发展密不可分，良种化养殖是未来贝类增养殖的基本方向。本文针对海洋贝类育种现状，紧密结合文蛤的遗传改良和新品种培育工作，采用形态标记与分子标记两方面对江苏省文蛤良种场新品系文蛤选育群体进行多样性分析；为进一步高效开展文蛤遗传改良工作起到良好的指导作用。研究对象包括江苏省文蛤良种场保存的红、黄2种壳色文蛤，3个世代，共7个选育群体，分别为：红壳色文蛤选育亲本（PR），黄壳色文蛤选育亲本（PY），红壳色文蛤亲本的子代产生壳色分离分别为红壳色子一代（RF₁R），黄壳色子一代（RF₁Y），黄壳色文蛤亲本的后代全部为黄壳色（YF1），子二代亲本（RF₂，注：从RF₁R群体中挑选生长速度快的人工筛选群体作为子二代亲本），子二代中红壳色文蛤（RF₂R）。首先，对红、黄两种壳色文蛤的选育亲本群体（PR群体和PY群体）及其子一代（红壳色文蛤亲本的后代产生壳色分离分别为红壳色子一代RF₁R、黄壳色子一代RF₁Y，黄壳色文蛤亲本的后代全部为黄壳色YF1）5个群体进行聚类分析和主成分分析。结果显示，各群体内个体间差异明显，群体内形态多样性丰富。聚类结果，红壳色文蛤子代分离的两种壳色文蛤群体聚为一类，在和黄壳色文蛤子代聚为一类；而两个亲本群体聚为一类。子代与子代聚为一类，亲本与亲本聚为一类。主成分分析构建了4个主成分，其贡献率：主成分1为23.132%，主成分2为18.933%，主成分3为16.555%，主成分4为11.523%，积累贡献率70.143%。再次，利用9对SSR引物和6条ISSR引物，对形态学测量后的上述5个群体文蛤进行分子标记遗传多样性监测。9对微卫星引物在文蛤5个群体的多态信息含量（PIC）在0.643⁰.7049之间，表观杂合度（Na）在0.7455⁰.7946之间，期望杂合度（Ne）0.7175⁰.752。6条ISSR引物在5个文蛤群体中多态位点百分率为92.11%⁹7.37%，Shannon多样性指数（I）PR最高为0.5033，RF₁Y最低为0.4126。两种标记均显示了较高的多态性。与红、黄壳色亲本相比，3种壳色后代的遗传多样性均未发生显著变化。两种标记对5个文蛤群体的聚类结果基本一致：5个群体聚为两大类，红壳色亲本文蛤及其子代为一类，即RF₁R群体和RF₁Y群体先聚一起，然后再与PR群体聚在一起；另外黄壳色亲本文蛤及其子代为一类，即PY群体与YF1群体聚一起；最后统一聚为一类。就整体而言，两种分子标记所检测的多样性均在同一水平，也就是说经过一代的选育，其多样性水平变化并不明显，仍保持较高水平，同时增加了2种标记分析结果的可靠性。最后，应用ISSR-PCR技术对自2009年起进行的红壳色文蛤新品系的世代选育群体进行遗传分析。以野生亲本红壳色文蛤PR群体，子一代中红壳色文蛤RF₁R群体，子二代中红壳色文蛤RF₂R群体及其亲本RF₂群体（从RF₁R群体中挑选生长速度快的人工筛选群体作为子二代亲本），共3个世代的4个选育群体自繁群系作为研究对象。结果表明，检测得出4个文蛤群体观测等位基因数（na）为1.8421-1.9737，有效等位基因数（ne）为1.4235-1.6079，Nei’s基因多样性（h）0.2581-0.357，Shannon多样性指数（I）为0.3987-0.5307；4个文蛤群体遗传多样性由高到低依次为RF₁2、 PR、RF₂R、RF₁R。遗传距离在0.0416-0.0569，遗传相似系数在0.9447-0.9593；根据UPGMA法构建4个文蛤群体的系统树，PR群体和RF₁R群体单独聚为一类，RF₂群体和RF₂R群体单独聚为一类，然后两者在聚为一类。经过2代选育，选育群体的遗传结构具有趋于稳定的现象，且随着选育世代的增加，各世代选育群体与野生群体间的遗传距离逐渐增大，体现了人工定向选育的作用，进一步证明选育结果的成效。综合以上结果，在进一步对文蛤RF₂R群体进行选育时，仍可保持一定的选择压力，继续提高目标性状；同时应考虑增加繁育亲本数量或重新引入部分具有目标性状的野生群体，降低近交繁殖带来的遗传衰退，更快更稳定地获得选育的新品种，逐步扩繁推广，让文蛤新品系育种研究在生产中得到实际应用。