刑事强制医疗程序的出台开创了我国刑事强制医疗司法审查的历史，具有里程碑意义。作为一个新兴的刑事诉讼程序，该程序有很大的完善空间。由于立法认识的偏差，该程序在立法目的上偏重防卫社会，程序的诉讼化理念也未能一以贯之的应用于该程序的始终，使得该程序呈现了一定的行政化特征。两种因素的交相作用，使得该程序对精神病人的权利保护不甚到位，也使得该程序存在着适用对象过窄、适用条件模糊、程序规定过粗、与普通程序关系不明等立法缺陷。刑事强制医疗程序应当朝着强化对精神病人权利保护的方向进行完善，进一步加强对权力的有效制约，进一步加强对精神病人权利的特殊保护；为了弥补该程序诉讼化不足的缺陷，应明确用诉讼化理念统领整个程序，朝着进一步深入诉讼化的方向进行完善；明确刑事强制医疗程序与普通刑事诉讼程序的关系为相互独立、前后相连的程序，二者在审理内容上各有侧重；为满足精神病人权利保障和司法实践的特殊需要，该程序的完善应该遵循刑事诉讼的基本原则，参照适用普通刑事诉讼的基本制度，并在此基础上，结合自身特点，进行必要的特殊规定。具体到我国刑事强制医疗程序的完善：在实体要件的完善上，适用对象进一步扩大至部分刑事责任能力人和监狱服刑人，并在条件允许时扩大到无受审能力人；细化适用条件，重点明确社会危险性的决定主体、考量因素、证明等问题；在刑事强制医疗具体程序的完善上：在启动程序的完善上，规范公安机关启动程序的行为，取消人民法院依职权直接启动程序的做法；在规范临时保护性约束措施方面，明确临时保护性约束的适用条件，改现有的公安机关决定临时保护性约束措施的模式为人民检察院批准和人民法院决定的模式，明确该措施的期间及与其他强制措施的关系，规定安康医院为执行机构，建立被约束人对作出该措施的决定不服时的救济机制，明确该措施决定中的证明问题；在构建科学化的法庭审理程序方面，对有争议的案件按照严格的审理程序和证明程序进行审理，对于没有争议的案件进行简化审理；建立二审制的救济程序，改现有的一审终审制为两审终审制，赋予被决定强制医疗人及其法定代理人、近亲属对法院决定不服时的上诉权，规定人民检察院对驳回刑事强制医疗申请时的抗诉权；在构建诉讼化的解除程序方面，参考刑事强制医疗审理程序，对被强制医疗人有没有继续危害社会可能存在异议的案件进行严格审理；在执行程序的完善方面，丰富执行方式，改变目前单一的住院治疗为住院治疗、门诊治疗和社区治疗等并行的方式，明确以安康医院为主和以地方有资质的医疗机构为辅的执行场所，设置6个月的评估期限。刑事强制医疗程序需要有其他刑事诉讼环节的配合才能顺利实施。为了使得“不负刑事责任精神病人”这一法律认定稳固无异议，进而保证刑事强制医疗程序的顺利进行，有必要完善现行的精神病司法鉴定的启动方式和加强被害人对撤销案件和不起诉决定的权利救济机制。在完善精神病司法鉴定的启动方式上，一方面通过明确启动前的审查行为和规范启动的内部决定行为来规范公检法依职权启动的精神病司法鉴定，另一方面，建立在申请人能提供证据证明行为人可能是精神病人时的精神病司法鉴定程序的强制启动机制；在加强被害人对撤销案件和不起诉决定的权利救济机制上，通过加强撤销案件决定书的说理性，赋予被害人复议权和完善人民检察院法律监督的方式维护被害人对公安机关撤销案件决定不服时的权利保障机制。通过加强不起诉决定书的说理和建立审前的司法审查机制维护被害人对检察院不起诉决定不服时的权利保障机制。本文可能有的创新之处首先在于研究思路，通过对刑事强制医疗程序的内涵、外延、价值、特殊性等基本问题的探讨入手，在此基础上确定我国刑事强制医疗程序精神病人权利保护、诉讼化、遵循刑事诉讼基本原则和基本制度、一定程度上的特色规定等完善方向，这样的研究思路具有一定新颖性。其次在于学术观点上，本文在论述诉讼化的概念、刑事强制医疗程序与普通程序的关系、设置繁简有别的刑事强制医疗程序等问题时，提出了一些具有一定新颖性的观点。